若在招投标过程中发现不能排除合理怀疑的投标文件，通常的处理方式是依法进行审查并可能作出否决投标等处理，具体如下：

1. 初步审查与质疑：

   • 招标人或招标代理机构在收到投标文件后，会进行初步的形式审查。若发现投标文件存在不能排除合理怀疑的情形，如文件内容模糊、签名盖章不清晰、报价异常等，应首先向投标人发出书面质疑，要求其在规定时间内作出澄清或说明。
   • 这一步骤的目的是给予投标人解释的机会，以消除合理怀疑，确保评标的公正性和准确性。

2. 详细审查与评估：

   • 若投标人在规定时间内未能作出合理澄清或说明，或者澄清后仍存在不能排除合理怀疑的情形，招标人应组织专家进行详细审查。
   • 专家审查应依据招标文件规定的评标标准和方法，对投标文件的技术、商务等方面进行全面评估，以确定是否存在影响评标公正性的因素。

3. 否决投标或采取其他措施：

   • 经详细审查后，若确认投标文件存在不能排除合理怀疑的情形，且该情形可能影响评标结果的公正性，招标人有权否决该投标。
   • 否决投标应依据相关法律法规和招标文件的规定进行，并应书面通知被否决的投标人，说明否决的理由和依据。
   • 此外，若发现投标人存在串通投标、弄虚作假等违法行为，招标人还应及时向有关行政监督部门报告，并配合调查处理。

4. 法律救济与争议解决：

   • 若投标人对否决投标的决定有异议，可以依法提出申诉或投诉。招标人应依法处理申诉或投诉，并给予投标人充分的陈述和申辩机会。
   • 若双方无法达成一致，可以通过仲裁或诉讼等法律途径解决争议。在此过程中，应确保程序的公正性和透明性，以维护招投标市场的秩序和公平竞争。

在处理不能排除合理怀疑的投标文件时，招标人应严格遵守相关法律法规和招标文件的规定，确保评标的公正性和准确性。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。