有证再生资源公司的违法违规行为，可能由商务主管部门、工商行政管理部门、环境保护行政管理部门等多个部门根据具体情况进行处罚。具体来说：

1. 商务主管部门：

   • 根据《再生资源回收管理办法》（商务部令2007年第8号）及相关规定，商务主管部门是再生资源回收的行业主管部门，负责制定和实施再生资源回收产业政策、回收标准和回收行业发展规划。
   • 若再生资源公司违反备案、经营等相关规定，如未在规定时间内向商务主管部门备案或变更备案事项，商务主管部门有权给予警告，责令限期改正；逾期拒不改正的，可视情节轻重处以罚款，并可向社会公告。

2. 工商行政管理部门：

   • 工商行政管理部门负责再生资源回收经营者的登记管理和再生资源交易市场内的监督管理。
   • 若再生资源公司在经营过程中存在无照经营、超范围经营等违法行为，工商行政管理部门将依法进行查处。

3. 环境保护行政管理部门：

   • 环境保护行政管理部门负责对再生资源回收过程中环境污染的防治工作实施监督管理。
   • 若再生资源公司在回收、处理过程中违反环境保护法律法规，造成环境污染的，环境保护行政管理部门将依法进行处罚。

4. 其他相关部门：

   • 根据具体违法违规行为的性质，还可能涉及公安机关（负责治安管理）、建设、城乡规划行政管理部门（负责将再生资源回收网点纳入城市规划，并查处违反城市规划、建设管理的行为）等部门的处罚。

法律建议：

• 再生资源公司应严格遵守相关法律法规，确保合法经营。
• 在经营过程中，应密切关注商务、工商、环保等部门的监管要求，及时办理相关手续，避免违法违规行为的发生。
• 若遇到处罚或监管问题，应及时咨询专业律师，了解自身权利义务，积极应对处理。

可能后果：

• 若再生资源公司违反相关法律法规，可能面临警告、罚款、责令停产停业、吊销营业执照等行政处罚。
• 严重违法违规行为还可能涉及刑事责任，对公司及相关责任人造成更大的法律后果。

因此，有证再生资源公司应高度重视合规经营，确保在法律框架内开展业务活动。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。