未验线擅自开工的罚款，是按单体建筑还是按同期工程，需结合具体法规及地方规定判断，一般存在两种处理方式：

1. 按单体建筑罚款
   若地方性法规或规章明确规定“未验线擅自开工的罚款以单体建筑为计算单位”，则处罚会针对每一栋未经验线即开工的建筑分别计算罚款。例如，某工程包含3栋单体建筑，均未验线开工，则可能按3栋分别处罚，罚款总额为单栋罚款标准的3倍。
   这种处理方式的依据通常在于：单体建筑是独立的施工单元，其违规行为具有独立性，罚款应与违规行为的直接关联对象对应。

2. 按同期工程罚款
   若法规或规章规定“以同期工程为处罚单位”，则无论工程包含多少栋单体建筑，均视为一个整体进行处罚。例如，同一时期开工的5栋建筑未验线，可能仅按一个工程处罚，罚款标准为固定金额或按工程总投资比例计算。
   这种处理方式的逻辑在于：同期工程是一个整体施工项目，违规行为是项目层面的管理疏漏，罚款应针对项目整体责任。

关键提示：

• 罚款单位（单体建筑或同期工程）的确定，需以地方性法规、规章或行政规范性文件为依据，不同地区可能存在差异。
  
• 实践中，行政机关会结合工程规模、违规情节（如是否主动整改、是否造成严重后果）等因素综合裁量罚款金额。
  
• 若对处罚决定有异议，可通过行政复议或行政诉讼途径维权，重点审查处罚依据是否合法、程序是否合规。

建议：
若您面临此类处罚，可提供具体地区、工程规模及处罚依据（如处罚决定书文号），我可进一步分析处罚的合法性及应对策略。