当公司或股东遭遇股东侵权时，可以按照以下步骤来处理和保护自身权益：

一、明确侵权行为及后果

首先，需要清晰地界定什么是侵权行为，以及这些行为可能导致的损害结果。这包括但不限于：

• 股东滥用权利，如擅自挪用公司资金、违规处置公司资产等。
• 股东会或董事会决议内容违反法律、行政法规或公司章程。
• 董事、高级管理人员违反法律、行政法规或公司章程规定，损害股东或公司利益。

为了证实侵权事实，需要收集相关证据，如股东会议记录、财务报表、银行转账记录、合同文件等。

二、尝试内部协商解决

在明确侵权行为后，可以尝试与侵权股东进行沟通，要求其停止侵权行为并赔偿损失。如果侵权股东是董事或高管，可以由监事会代表公司对其提起诉讼；如果侵权股东是监事，则由董事会代表公司诉讼。在协商过程中，务必保存好沟通记录，以备后续使用。

三、通过法律途径维权

如果内部协商无果，可以依据民事诉讼法向法院起诉，要求侵权股东承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。起诉时，需要明确提出诉讼请求，并提供充足的证据来支持。法院会根据收集到的证据和相关法律规定来作出判断。如果认定股东有侵权行为，就会判决其承担相应的法律责任。

四、特殊情况下的处理

• 涉及犯罪行为：如果侵权行为涉及挪用公司资金、职务侵占等犯罪行为，公司可以向公安机关报案，依法追究其刑事责任。
• 股东代表诉讼：在董监高执行职务违法给公司造成损失，或他人侵犯公司合法权益，情况紧急、不立即起诉会使公司利益受损时，符合条件的股东可以书面请求监事会或董事会起诉；如果其拒绝或三十日内未起诉，股东可以自己名义直接起诉。

五、证据的收集与保存

在整个处理过程中，证据的收集和保存至关重要。需要收集的证据包括但不限于：

• 侵权行为的文件、合同、财务记录等。
• 损害后果的证据，如公司财务报表显示因侵权导致利润下降、资产减值等数据。
• 侵权行为与损害后果之间的因果关系证据。

同时，要注意证据的合法性、真实性和关联性，确保收集过程合法合规，证据来源可靠且与侵权事实紧密相关。

六、执行判决与后续跟进

一旦胜诉，可以通过法院的强制手段来让侵权股东的财产得以执行，从而实现自己的合法权益。此外，还需要对判决的执行情况进行跟进，确保侵权股东按照判决要求履行义务。

综上所述，处理股东侵权纠纷需要明确侵权行为及后果、尝试内部协商解决、通过法律途径维权、注意特殊情况下的处理、收集与保存证据以及执行判决与后续跟进。希望这些建议能对您有所帮助。