若款项应当由公司承担，但起诉了法定代表人，法院一般会驳回起诉，而非驳回诉讼请求。以下从不同角度为您详细分析：
法律主体角度
公司作为独立法人：
- 公司是依法设立，具有独立法人资格的经济组织，能够以自己的名义享有民事权利和承担民事义务。
- 当款项应当由公司承担时，意味着该债务属于公司的债务，而非法定代表人的个人债务。
法定代表人的法律地位：
- 法定代表人只是公司的代表，其行使职权的行为代表公司，而非其个人。
- 除非法定代表人存在滥用职权、与公司财产混同等特殊情况，否则不应承担公司的债务。
诉讼程序角度
起诉对象的确定：
- 在民事诉讼中，原告需要明确起诉对象，即被告。
- 当款项应当由公司承担时，被告应当是公司，而非法定代表人。
法院的审查与裁决：
- 法院在受理案件后，会对起诉对象进行审查。
- 如果发现起诉对象错误，即起诉了不应承担债务的法定代表人，法院会依据相关法律规定，裁定驳回起诉。
可能的法律后果与建议
驳回起诉的后果：
- 驳回起诉意味着原告的起诉被法院拒绝，案件不进入实体审理阶段。
- 原告需要重新确定起诉对象，即公司，并再次提起诉讼。
法律建议：
- 在提起诉讼前，原告应仔细审查债务关系，明确债务承担主体。
- 如果款项应当由公司承担，原告应直接起诉公司，而非法定代表人。
- 如果已经错误起诉了法定代表人，原告可以在收到驳回起诉的裁定后，重新起诉公司。
举例说明：假设A公司与B公司之间存在一笔货款纠纷，A公司认为B公司应支付货款。但A公司在起诉时，错误地将B公司的法定代表人列为被告。在这种情况下，法院会审查起诉对象，发现被告错误后，会裁定驳回A公司的起诉。A公司需要重新起诉B公司，才能维护自己的合法权益。
综上所述，若款项应当由公司承担，但起诉了法定代表人，法院一般会驳回起诉。因此，在提起诉讼时，原告应仔细审查债务关系，明确债务承担主体，以确保诉讼的顺利进行。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。