未取得相应资格证书的事业人员被扣发绩效是否合法，需分情况讨论：
若单位规章制度或劳动合同明确规定需持证上岗，且未取得证书将影响绩效发放：
- 在此情况下，单位扣发绩效通常被视为合法。因为根据《劳动合同法》及相关规定，劳动者需遵守用人单位的规章制度，并按照劳动合同约定履行义务。若规章制度或劳动合同中明确规定了持证上岗的要求，以及未取得证书对绩效的影响，那么劳动者未取得证书即构成违约，单位有权按照约定扣发绩效。
若单位规章制度或劳动合同未明确规定需持证上岗，或未规定未取得证书将影响绩效发放：
- 在此情况下，单位扣发绩效可能缺乏合法依据。因为单位不能随意扣发劳动者的绩效，除非有明确的规章制度或劳动合同作为支撑。若规章制度或劳动合同中未提及持证上岗的要求，或未规定未取得证书对绩效的影响，那么单位扣发绩效可能构成对劳动者权益的侵犯。
法律建议：
- 对于劳动者而言，若认为单位扣发绩效不合法，可首先与单位进行协商，要求单位提供扣发绩效的合法依据。若协商无果，可向劳动争议调解委员会申请调解，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 对于单位而言，若希望要求劳动者持证上岗，并规定未取得证书将影响绩效发放，应在规章制度或劳动合同中明确规定，并确保这些规定符合法律法规的要求。同时，单位在扣发绩效前，应确保有充分的证据证明劳动者未取得证书，且该未取得证书的行为与绩效发放有直接关联。
可能法律后果：
- 若单位扣发绩效缺乏合法依据，可能面临被劳动者投诉、申请仲裁或提起诉讼的风险。一旦仲裁或诉讼成立，单位可能需要补发绩效，并可能承担因此产生的其他法律责任，如支付赔偿金等。
进一步思考：
- 劳动者在入职前应仔细了解单位的规章制度和劳动合同内容，特别是关于持证上岗和绩效发放的规定。若对规定有疑问或不明确，应及时向单位咨询或寻求法律帮助。
- 单位在制定规章制度和劳动合同时，应确保内容合法、合规，并充分考虑劳动者的权益。同时，单位在执行规章制度和劳动合同时，应确保公平、公正，避免因执行不当而引发劳动争议。
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