小产权房物业公司代收过户费是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律层面分析
小产权房性质：小产权房通常是在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，因此也被称为“乡产权房”。这种房屋的产权性质与商品房存在显著差异，其合法性本身就存在争议。
过户费性质：过户费通常涉及房屋产权转移时的相关税费和费用。在商品房交易中，过户费有明确的法律规定和收费标准。然而，在小产权房交易中，由于房屋本身产权不清晰，过户费的收取缺乏明确的法律依据。
物业公司代收合法性：物业公司作为服务提供者，其职责主要是提供物业服务，如保安、保洁、绿化等。除非有明确的法律规定或合同约定，否则物业公司无权代收过户费。如果物业公司未经业主同意或未依据相关法律法规代收过户费，可能构成违法行为。
二、合同层面分析
合同约定：如果小产权房的业主与物业公司之间签订了物业服务合同，并且合同中明确约定了物业公司可以代收过户费，那么在这种情况下，物业公司代收过户费可能是合法的。但需要注意的是，这种合同约定必须符合相关法律法规的规定，不得损害业主的合法权益。
无合同约定：如果业主与物业公司之间没有签订关于代收过户费的合同，或者合同中没有明确约定，那么物业公司代收过户费就缺乏合同依据。在这种情况下，业主有权拒绝支付过户费，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
三、实践层面分析
地区差异：不同地区对于小产权房的管理和规定可能存在差异。有些地区可能对小产权房的交易和过户有更为严格的规定，而有些地区则可能相对宽松。因此，在判断物业公司代收过户费是否合法时，需要考虑当地的具体规定和政策。
监管缺失：由于小产权房本身产权不清晰，相关物业服务的规范和监管可能缺失。这导致一些物业公司可能利用这一漏洞，擅自代收过户费等费用。因此，业主在选择物业公司时，需要谨慎选择，并了解其服务内容和收费标准。
四、建议与措施
明确合同条款：业主在与物业公司签订物业服务合同时，应明确约定服务内容、收费标准以及是否可以代收过户费等事项。这有助于避免后续纠纷的发生。
了解当地规定：业主在购买小产权房时，应了解当地对于小产权房的管理和规定。这有助于判断物业公司代收过户费是否合法，并维护自己的合法权益。
寻求法律援助：如果业主认为物业公司代收过户费不合法，或者与物业公司之间发生了纠纷，可以寻求法律援助或向相关部门投诉。这有助于维护自己的合法权益，并促进小产权房市场的健康发展。
总结来看，小产权房物业公司代收过户费是否合法，需根据具体情况判断，包括法律层面、合同层面以及实践层面的多个因素。业主在面对此类问题时，应谨慎对待，并寻求专业的法律意见。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。