农村小产权房过户收取三万元过户费是否合法，不能一概而论，需分情况讨论：

1. 若过户费为双方自愿协商且无其他违法情形
   小产权房本身因未取得国家颁发的产权证书，其交易行为在法律上存在争议，但若买卖双方基于自愿原则，就过户费用达成一致（如三万元），且该费用未违反地方性法规或政策（如部分地区对小产权房交易有特殊规定），且未涉及欺诈、胁迫等违法行为，则该费用约定可能被认定为民事主体间的自愿行为，法律不主动干预。但需注意，此类交易因缺乏合法产权保障，仍存在较大风险。

2. 若过户费涉及违规收费或强制交易

   • 若收费主体为村委会或第三方：若村委会或第三方以“过户费”名义强制收取费用，且无法律依据（如未通过村民会议决议、未公示收费标准等），则可能涉嫌违规收费，违反《村民委员会组织法》中关于村务公开、民主决策的规定，甚至可能构成敲诈勒索等违法行为。
     
   • 若交易本身被禁止：若当地政策明确禁止小产权房交易（如部分地区为规范农村土地管理，禁止小产权房买卖），则交易行为本身违法，过户费约定亦无效，且可能面临行政处罚（如没收违法所得、罚款等）。
     

建议：

• 购买小产权房前，务必核实当地政策是否允许交易，并要求卖方提供土地使用证、规划许可证等材料，评估交易风险。
  
• 若已涉及过户费纠纷，可收集证据（如收费凭证、交易合同等），向当地乡镇政府或国土部门反映，或通过诉讼主张权利。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。