在企业合并过程中，若合同相对方明确表示反对，需根据反对的具体事由、合同条款及法律规定，分情况处理。以下是具体分析：

1. 审查合同条款：是否存在合并限制或变更条款

• 若合同明确约定“合并导致合同终止/变更需对方同意”：
  根据《民法典》第543条，合同变更需双方协商一致。此时，企业需与相对方重新谈判，争取其书面同意；若无法达成一致，可能面临合同解除或违约风险，需评估违约成本（如赔偿金、商业信誉损失等）。
  
• 若合同未约定合并影响：
  根据《民法典》第509条，当事人应按诚实信用原则履行合同。合并后的企业通常需继承原合同权利义务，相对方无权单方反对，但可主张合并导致履约能力下降（如财务恶化），要求提供担保或调整条款。

2. 评估合并的法律效力：是否完成法定程序

• 若合并未完成工商变更登记：
  相对方可主张合并未生效，要求原合同主体继续履约。此时，企业需优先完成合并登记，再与相对方协商合同承接事宜。
  
• 若合并已合法完成：
  根据《公司法》第174条，合并后的企业自动承继原合同，相对方反对无效，但可依据《民法典》第527条主张“不安抗辩权”（如合并导致对方履约能力显著下降），要求中止履行并要求提供担保。

3. 协商与补偿：化解反对的实务策略

• 经济补偿：
  若相对方因合并遭受损失（如合作预期收益减少），可协商一次性补偿（如支付违约金、调整合作条件），换取其书面同意。
  
• 合同修订：
  修改原合同条款（如延长履约期限、调整付款方式），降低相对方风险感知，促成合作延续。
  
• 第三方担保：
  由合并后的企业或关联方提供担保，增强相对方履约信心。

4. 法律救济：强制履行或解除合同

• 若相对方无合法理由反对：
  企业可依据《民法典》第577条，要求其继续履行合同，并主张因反对导致的损失（如诉讼费、律师费）。
  
• 若相对方行为构成根本违约：
  如明确表示不履行主要义务，企业可解除合同并要求赔偿损失（包括直接损失和可得利益损失）。

5. 特殊情形：反垄断审查或行业管制

• 若合并涉及反垄断审查（如经营者集中），且未通过审批，相对方可主张合同因合并违法而无效，企业需提前评估监管风险，避免合同履行障碍。

建议行动步骤：

1. 立即审查合同条款，明确相对方反对的法律依据；
   
2. 评估合并程序合法性，确保已完成工商变更；
   
3. 与相对方书面沟通，记录其反对理由及诉求；
   
4. 根据评估结果，选择协商、补偿或法律途径解决；
   
5. 必要时委托律师介入，起草法律意见书或诉讼文件。
   

如有进一步细节（如合同类型、合并方式等），可随时补充，我将为您定制解决方案。