在企业合并过程中，即使原股东不同意，只要合并决议符合法定程序并获得代表三分之二以上表决权的股东支持，公司仍可进行合并。但需确保异议股东的权利得到妥善处理，且整个合并过程需严格遵守相关法律法规。以下是从多个角度对这一问题的详细分析：
一、合并决议的通过与异议股东的权利
合并决议的通过：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司合并需要经过代表三分之二以上表决权的股东通过。这意味着，即使有部分股东不同意，只要满足法定表决权比例，合并决议仍然可以生效。
异议股东的权利：
- 异议股东有权要求公司以合理价格回购其股份。这通常适用于公司合并、分立或转让主要财产等情形。
- 若股东与公司无法就股权回购达成协议，股东可在股东会会议决议通过之日起六十日内提起诉讼，要求公司强制收购其股权。
二、异议股东的具体处理方式
行使回购请求权：
- 适用情形：对股东会关于公司合并决议投反对票的股东，有权请求公司按照合理的价格收购其股权。
- 行使期限：股东需在股东会会议决议通过之日起六十日内与公司协商股权收购事项。若双方六十日内未能达成协议，股东可在九十日内向人民法院提起诉讼。
股权转让：
- 内部转让：股东可与其他愿意接收股权的股东协商，在公司内部转让股权。这种方式相对简便，通常只需通知其他股东即可（公司章程另有规定的除外）。
- 外部转让：若股东希望将股权转让给第三方，需经其他股东过半数同意。股东应书面通知其他股东征求同意，其他股东三十日内未答复的，视为同意转让。半数以上不同意的股东应购买该股权；不购买的，视为同意转让。在同等条件下，其他股东有优先购买权。
考虑退出公司：
- 如果股东无法阻止合并，且对公司未来发展持悲观态度，可通过股权转让的方式退出公司。
三、合并协议与法律救济途径
合并协议的签订与执行：
- 合并各方需签订合并协议，明确合并方式、对价、资产债务状况、职工补偿安置等关键条款。
- 合并协议一般自签字盖章之日起生效，但需政府主管部门批准的除外。未经批准但在一审法庭辩论终结前补办报批手续的，协议仍有效。
法律救济途径：
- 提起诉讼：若股东认为合并决议存在程序违法或内容违反公司章程，可在决议作出之日起六十日内请求人民法院撤销该决议。若合并决议内容违反法律、行政法规的强制性规定，股东可向人民法院提起诉讼，请求确认决议无效。
- 寻求行政救济：如果股东认为公司合并过程中存在违反法律法规或公司章程的情况，如未按规定通知债权人、未依法公告等，可向公司登记机关等相关行政部门反映情况，由行政部门对公司的违法行为进行查处并要求改正。
四、合并后的登记、公告与债权人保护
登记事项变更与公告：
- 合并后，公司登记事项发生变更的，应依法向公司登记机关办理变更、注销登记。
- 公司需在作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告，以确保债权人的知情权。
债权人的保护：
- 债权人自接到通知书之日起三十日内，或未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或提供相应的担保。
五、特殊情况处理与协商沟通
- 对于不同意合并的股东，公司应积极与其进行协商和沟通，了解他们的关切和诉求，寻求达成共识的解决方案。
- 在合并方案中考虑对异议股东的特殊安排，如给予经济补偿或其他权益保障，以平衡他们可能因合并而遭受的损失。
总结来说，企业合并是一个复杂且需谨慎处理的过程。在确保合并决议符合法定程序的同时，也需充分考虑和保护异议股东及债权人的合法权益。如果您作为股东或公司管理层，在企业合并过程中遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。