在工伤赔偿中，单位已支付的款项是否应从赔偿中扣除，主要取决于款项的性质以及相关法律法规的规定。一般情况下，若单位已支付的款项属于工伤赔偿范围内的项目，则应从最终赔偿中扣除；若不属于，则不应扣除。以下从不同角度进行详细分析：
一、款项性质决定是否扣除
属于工伤赔偿范围内的款项：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤赔偿包括医疗费、停工留薪期工资、护理费、一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金等项目。
- 若单位已支付的款项属于上述项目中的一项或多项，且金额合理，则在计算最终工伤赔偿时，应将该部分款项从总赔偿额中扣除。例如，单位已支付了医疗费，那么在计算工伤赔偿时，就不应再重复计算医疗费部分。
不属于工伤赔偿范围内的款项：
- 若单位已支付的款项不属于工伤赔偿范围内的项目，如单位自愿支付的慰问金、补助金等，则这些款项不应从工伤赔偿中扣除。
- 此外，若单位支付的款项虽与工伤有关，但超出法定赔偿标准，超出部分也不应从工伤赔偿中扣除，因为超出部分属于单位的自愿给付，不构成对法定赔偿义务的替代。
二、法律法规的具体规定
- 《工伤保险条例》：该条例明确了工伤赔偿的项目和标准，是处理工伤赔偿案件的主要法律依据。根据条例规定，工伤赔偿应基于实际损失和法定标准进行计算，单位已支付的合法款项应在计算时予以扣除。
- 地方性法规或规章：不同地区可能根据实际情况制定了地方性的工伤保险实施办法或细则，这些规定可能对工伤赔偿的具体计算和扣除有更详细的规定。因此，在处理具体案件时，还需参考当地的相关规定。
三、实际操作中的注意事项
- 保留证据：无论是单位还是工伤职工，都应妥善保留与工伤赔偿相关的所有证据，包括医疗费用发票、停工留薪期证明、护理费发票等。这些证据是计算工伤赔偿和确定扣除款项的重要依据。
- 协商与调解：在工伤赔偿过程中，单位与工伤职工应积极进行协商和调解，以达成公平合理的赔偿协议。若双方对扣除款项有争议，可寻求劳动争议调解委员会或法院的帮助进行解决。
- 法律程序：若协商和调解无果，双方可依法提起劳动争议仲裁或诉讼。在仲裁或诉讼过程中，法院或仲裁机构将根据法律法规和证据材料，对工伤赔偿和扣除款项进行最终裁决。
建议：在处理工伤赔偿案件时，单位和工伤职工都应充分了解相关法律法规和政策规定，确保自己的权益得到合法保障。若遇到复杂或疑难问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。