磋商二次时，供应商数量不满三家，原则上不能继续磋商，但在特定情形下可以。具体分析如下：
一、原则上不能继续磋商的情形
根据《政府采购竞争性磋商采购方式管理暂行办法》第六条的规定，采购人、采购代理机构应当邀请不少于3家符合相应资格条件的供应商参与竞争性磋商采购活动。此条规定强调的是实际参加采购的供应商不少于3家。如果采购人邀请的供应商有3家，但实际参加磋商采购（提交响应文件）的供应商不足3家，则属于采购人邀请供应商不成功，不符合该条规定的要求。因此，在提交响应文件环节，出现供应商不足3家的，原则上不能继续开展磋商。
二、特定情形下可以继续磋商的情形
尽管原则上要求实质性响应的供应商需要有3家以上才能继续开展磋商活动，但在特定情形下，实质性响应供应商只有2家的，也可以继续开展磋商。这些特定情形包括：
市场竞争不充分的科研项目：对于这类项目，如果采用公告方式邀请供应商，磋商过程中实质性响应仅有2家的，可以判定市场竞争不充分，从而继续开展磋商。
需要扶持的科技成果转化项目：这类项目在竞争性磋商过程中，如果实质性响应的供应商只有2家，也可以继续开展磋商。
政府购买服务项目（含政府和社会资本合作项目）：根据《财政部关于政府采购竞争性磋商采购方式管理暂行办法有关问题的补充通知》的规定，在采购过程中符合要求的政府购买服务供应商（社会资本）只有2家的，竞争性磋商采购活动可以继续进行。但需要注意的是，此处的“符合要求”指的是符合磋商文件要求，即实质性响应磋商文件需求，而非仅仅提交了响应文件。
三、实务操作中的建议
在实务操作中，有些人可能会将提交响应文件参加磋商的供应商等同于实质性响应或者符合要求的供应商，这种理解是不对的。在磋商过程中，需要对提交响应文件的供应商进行符合性评审，只有经过评审，符合要求、实质性响应的供应商才能进入最后报价。针对实务操作中反映较多、经常出现的“提交响应文件只有2家”的情形，按照现有规定，需要终止采购后重新采购。但有些项目在重新采购后，能邀请到的符合资格条件的供应商还是只有2家，如果不能继续开展磋商采购活动，则采购项目依旧无法完成。因此，有观点建议将现有规定的特定情形扩大到提交响应文件环节，即符合前述特定情形的项目，提交响应文件和实质性响应的供应商只有2家的，磋商活动都可以继续进行。不过，这一建议尚未成为明确的法律规定，在实际操作中仍需谨慎对待。
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