买卖协议中书写“已全款”是否有效，需结合具体情况判断，但通常来说，只要该条款是双方真实意思表示且不违反法律规定，即为有效。以下从不同角度为您详细分析：
一、从合同效力角度分析
真实意思表示：
- 买卖协议中的“已全款”条款，若确实是买卖双方在平等、自愿的基础上，经过充分协商后达成的真实意思表示，那么该条款即具有法律效力。
- 例如，买方在签订协议时明确表示已支付全部货款，卖方也予以确认，这样的条款就是双方真实意思的体现。
不违反法律规定：
- “已全款”条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
- 若该条款涉及非法交易（如走私、贩毒等）或违反其他法律规定，则该条款无效，甚至可能导致整个买卖协议无效。
二、从实际操作角度分析
付款凭证的重要性：
- 尽管协议中书写了“已全款”，但为了确保交易的合法性和安全性，建议买卖双方保留好付款凭证（如银行转账记录、收据等）。
- 付款凭证是证明买方已支付货款的重要证据，也是卖方确认收款后履行交货义务的依据。
协议内容的完整性：
- 买卖协议应详细、明确地约定双方的权利和义务，包括货物的名称、规格、数量、价格、付款方式、交货时间、地点等。
- “已全款”条款只是协议中的一部分，应与其他条款相互协调、补充，共同构成完整的买卖协议。
三、从法律风险角度分析
买方风险：
- 若买方在协议中虚假陈述已支付全款，而实际上并未支付或只支付了部分货款，则可能构成违约或欺诈行为，需要承担相应的法律责任。
- 卖方在收到协议后，应核实买方的付款情况，确保货款已实际到账。
卖方风险：
- 若卖方在未收到全款的情况下就确认“已全款”，并履行了交货义务，则可能面临货款无法追回的风险。
- 卖方在签订协议前，应要求买方提供付款凭证或采取其他保障措施（如要求买方提供担保、签订分期付款协议等），以降低交易风险。
四、建议与措施
- 明确约定：在买卖协议中明确约定付款方式、付款时间、付款金额等关键条款，并确保双方对条款内容无异议。
- 保留证据：买卖双方应保留好与交易相关的所有证据（如协议、付款凭证、交货凭证等），以备不时之需。
- 咨询专业律师：若对买卖协议中的条款存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以确保自身权益得到保障。
若您在买卖协议签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。