收银员拿钱被发现且金额为5000元，可能涉及刑事责任与民事赔偿，具体处理方式需结合行为性质与证据情况，分以下两种情形说明：

1. 若行为构成职务侵占罪或盗窃罪

   • 刑事责任：根据《刑法》第271条（职务侵占罪）或第264条（盗窃罪），若收银员利用职务便利非法占有公司财物5000元，可能面临3年以下有期徒刑或拘役；若以非法占有为目的秘密窃取财物，同样可能构成盗窃罪。需注意，部分地区盗窃罪的立案标准为2000-3000元，5000元已达刑事追诉标准。
     
   • 处理流程：公司应立即报警，由公安机关立案侦查，固定监控录像、账目记录、证人证言等证据；若收银员主动退赔并认罪认罚，可能从轻或减轻处罚。
     

2. 若行为不构成犯罪，但违反公司制度或民法规定

   • 民事赔偿：根据《民法典》第1165条，收银员需返还5000元并赔偿公司损失（如利息、调查费用等）；公司可依据劳动合同或规章制度解除劳动关系，但需注意程序合法性（如提前通知、支付经济补偿等）。
     
   • 内部处理：公司应完善收银流程（如双人核对、定期审计），避免类似事件；若收银员系初犯且情节轻微，可协商分期退赔并保留追责权利。
     

建议行动步骤：

• 公司：立即封存相关证据（如监控、账目），报警并同步启动内部调查；
  
• 收银员：若已实施行为，建议主动退赔并配合调查，争取从宽处理；
  
• 双方：可协商民事赔偿，但刑事责任需由司法机关认定，不可私了。
  

关键提醒：5000元是否构成犯罪需结合地区标准与行为性质判断，但无论是否入罪，民事赔偿责任均无法免除。如有进一步证据或细节需分析，可直接向我提问。