在大多数情况下，如果儿子与父亲的刑事案件没有直接关联，且未参与任何与犯罪相关的活动，司法机关一般不会随意查询儿子的银行卡。不过，也存在一些特定情况，司法机关可能会对儿子的银行卡进行查询，以下是对此问题的详细分析：
一、通常不会查的情况
在大多数刑事案件中，如果儿子与案件没有直接关联，比如没有参与父亲的犯罪行为，也没有协助父亲隐匿、转移财产等，那么司法机关通常不会查询儿子的银行卡。这是因为，司法机关的侦查活动需要遵循法定程序和原则，不能随意侵犯无辜公民的合法权益。
二、可能会查的情况
涉及财产转移：
- 如果存在证据或合理怀疑表明，父亲将犯罪所得或涉案资金转移到了儿子的银行卡上，那么司法机关为了查明案件事实和追缴违法所得，有权对儿子的银行卡进行查询。
- 这种情况下，查询银行卡是司法机关依法行使侦查权的表现，旨在打击犯罪、保护社会公共利益。
儿子参与犯罪：
- 如果儿子本身参与了父亲的刑事案件，比如作为共同犯罪人协助父亲实施犯罪行为，并且银行卡涉及犯罪资金的流转、存放等，那么该银行卡将成为司法机关的调查对象。
- 在这种情况下，查询银行卡是司法机关为了收集犯罪证据、查明案件事实而进行的必要侦查活动。
窝藏包庇：
- 如果儿子明知是父亲的犯罪所得及其产生的收益，而通过自己的银行卡协助父亲进行窝藏、转移、收购、代为销售或以其他方法掩饰、隐瞒，那么司法机关为核实犯罪情节和追究儿子责任，也会对其银行卡进行查询。
- 这种行为可能构成窝藏、包庇罪等刑事犯罪，司法机关依法有权进行调查处理。
三、查询程序与权益保障
- 司法机关在查询儿子银行卡时，必须遵循严格的法律程序和规定，比如依法申请并获得相关部门的批准。
- 对于查询和获取的信息，司法机关必须严格保密，并仅用于案件的侦查和审理工作。
- 如果儿子担心自己的银行账户会受到调查，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供法律建议和帮助。
四、建议与结论
- 保持冷静和理智：如果儿子与父亲的刑事案件没有直接关联，且未参与任何与犯罪相关的活动，那么不必过于担心自己的银行卡会被查询。
- 积极配合侦查机关：如果儿子确实与案件有关联，或者司法机关依法对儿子的银行卡进行了查询，那么儿子应该积极配合侦查机关的工作，以便案件能够得到公正、合法的处理。
- 及时咨询专业律师：如果儿子对自己的权益有疑虑或担忧，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供法律建议和帮助，维护儿子的合法权益。
综上所述，刑事案件中是否会查儿子的银行卡取决于案件的具体情况和侦查需要。如果儿子与案件没有直接关联且未参与犯罪活动，那么通常不会查询其银行卡；但如果存在涉及财产转移、儿子参与犯罪或窝藏包庇等特定情况，那么司法机关可能会依法对儿子的银行卡进行查询。