结论是：商业险在次责赔付时，是否扣除交强险的2000元，需根据事故责任划分和保险条款来综合判断，但通常情况下，商业险赔付会先扣除交强险的赔偿限额。以下是详细分析：
交强险与商业险的赔付顺序：
- 交强险（机动车交通事故责任强制保险）是法定强制保险，其赔付具有优先性。在事故发生后，交强险会首先在其赔偿限额内（如财产损失2000元）进行赔付。
- 商业险（如第三者责任险）则是车主自愿购买的附加保险，用于在交强险赔付不足时，对超出部分进行赔付。
次责情况下的赔付逻辑：
- 当事故责任划分为次责时，意味着您的车辆在事故中承担次要责任。此时，交强险会首先在其赔偿限额内对对方车辆或财产的损失进行赔付。
- 如果对方车辆的损失超过了交强险的赔偿限额（如2000元），则超出部分将由商业险根据事故责任比例进行赔付。在赔付过程中，商业险通常会先扣除交强险已经赔付的部分（即2000元），然后对剩余部分进行赔付。
具体案例与保险条款：
- 假设事故中对方车辆的损失为5000元，且您承担次要责任（如30%）。那么，交强险会首先赔付2000元。
- 剩余的3000元损失中，您需要承担的部分为900元（3000元 * 30%）。这部分将由商业险进行赔付。在赔付时，商业险会确认交强险已经赔付了2000元，并在此基础上对剩余的900元进行赔付。
- 需要注意的是，具体的赔付比例和限额可能因保险条款的不同而有所差异。因此，在实际操作中，应仔细阅读保险合同中的相关条款。
特殊情况与注意事项：
- 如果事故中涉及多方责任或存在其他特殊情况（如无证驾驶、酒驾等），则赔付过程可能更加复杂。此时，应根据具体情况和保险条款进行综合判断。
- 另外，如果商业险的保额不足以覆盖超出交强险赔偿限额的部分，那么车主可能需要自行承担剩余损失。
建议您：在处理此类事故时，及时与保险公司沟通并了解具体的赔付流程和要求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。