建设单位与总包签订包干合同，且合同中未单独列明施工安全技术措施费，这一做法是否合法，需结合具体情况及相关法律法规进行综合分析。以下是从不同角度的详细解答：

1. 法律法规的直接规定

• 《建设工程安全生产管理条例》等相关法规明确要求，建设单位在编制工程概算时，应当确定建设工程安全作业环境及安全施工措施所需费用，并在工程承包合同中明确该费用。若合同中未单独列明施工安全技术措施费，可能违反了法规对安全费用明确列支的要求。
• 但需注意，法规并未直接规定包干合同中必须单独列明此项费用。若包干总价已隐含包含了安全技术措施费用，且双方对此有明确共识，则可能不构成违法。关键在于合同是否实质上保障了安全施工的必要费用。

2. 合同条款的合法性与合理性

• 合同自由原则：在民事法律关系中，合同双方有权自由约定合同条款，包括费用承担方式。若双方自愿签订包干合同，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，则合同本身合法。
• 但需警惕：若包干合同中未明确安全技术措施费用，导致实际施工中安全投入不足，引发安全事故，建设单位和总包单位可能因未履行安全保障义务而承担法律责任。此时，合同条款的合理性将受到质疑。

3. 实践中的风险与建议

• 风险点：未单独列明施工安全技术措施费，可能导致实际施工中安全投入不足，增加安全事故风险。一旦发生事故，建设单位和总包单位可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
• 建议：
  • 明确费用：在签订包干合同时，建议双方明确安全技术措施费用的承担方式及金额，确保安全施工的必要投入。
  • 补充协议：若合同已签订但未列明此项费用，双方可签订补充协议，明确安全技术措施费用的具体数额及支付方式。
  • 合规审查：在签订合同前，建议双方对合同条款进行合规审查，确保合同内容符合相关法律法规的要求。

4. 特殊情况下的处理

• 若合同中明确包干总价已包含安全技术措施费用：此时，虽未单独列明，但若双方对此有明确共识，且实际施工中安全投入得到保障，则可能不构成违法。但建议双方在合同中或补充协议中对此进行明确说明，以避免后续纠纷。
• 若合同中未提及且双方对此存在争议：此时，可能需要根据合同解释原则、交易习惯或相关证据来判断包干总价是否已包含安全技术措施费用。若无法达成一致，可能引发合同纠纷。

总结来看：

1. 若合同中未单独列明施工安全技术措施费，但包干总价已实质上包含该费用，且双方对此有明确共识，则可能不构成违法。但建议双方在合同中或补充协议中对此进行明确说明。
2. 若合同中未单独列明且包干总价未实质上包含该费用，导致实际施工中安全投入不足，则可能违反相关法律法规的要求。此时，建设单位和总包单位可能面临法律责任。

因此，建议双方在签订包干合同时，明确安全技术措施费用的承担方式及金额，以确保安全施工的必要投入，并避免后续纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。