股权转让协议中约定债务由之前的股东承担，该约定在协议双方之间是有效的，但不能对抗善意第三人。以下从不同角度为您详细分析：
协议双方之间的效力
有效性的基础：根据《民法典》的相关规定，民事法律行为若行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律和行政法规的强制性规定且不违背公序良俗，则有效。股权转让协议中关于债务承担的约定，只要是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定，对双方就具有约束力。
具体应用：例如，新股东可要求原股东在协议中承诺对股权转让前公司债务承担责任。若协议中明确约定了转让前公司的债务由原股东承担，那么在协议双方之间，这一约定是有效的。当公司因转让前的债务被追讨时，公司承担债务后，可依据协议约定向原股东追偿。
对抗善意第三人的效力
不能对抗的原则：股权转让协议只约束协议双方当事人，其效力并不能及于合同双方当事人之外的第三人。这是基于合同的相对性原理。
具体情形：当公司的债权人要求公司承担债务时，即使股权转让协议中约定了债务由原股东承担，债权人仍然有权要求公司承担债务。公司承担债务后，再依据协议约定向原股东追偿。但这一内部约定不能作为公司对抗债权人的理由。
特殊情况与风险提示
虚假出资等手段：如果原股东通过虚假出资等手段骗取公司股权，或者在股权转让过程中存在欺诈、胁迫等情形，导致协议无效或可撤销，那么原股东可能仍需对公司债务承担责任。
新股东的追偿权：若股权转让协议中约定由新股东承担转让前的债务，但新股东在承担后发现与约定不符（如原股东未如实披露债务情况），新股东可向原股东追责。但同样，这一追偿权也不能对抗善意第三人。
法律建议
明确约定：在签订股权转让协议时，应明确约定转让前公司债务的承担主体，并尽可能详细地列举债务情况，以避免后续争议。
办理变更登记：虽然未办理工商变更登记不影响协议效力，但尽快办理变更登记可保障自身权益，减少潜在风险。因为未办理变更登记的股权状态可能对第三人缺乏公信力。
咨询专业律师：在签订股权转让协议前，建议咨询专业律师，以确保协议内容合法、有效，并充分了解可能存在的法律风险。
股权转让协议中约定债务由之前的股东承担，在协议双方之间是有效的，但不能对抗善意第三人。在签订协议时，应明确约定、办理变更登记，并咨询专业律师以降低法律风险。如果您在此方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。