合同期到期但被告在合同存续期间注销，一般情况下不能直接起诉该公司，但债权人仍有途径主张债权。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 公司注销后的法律地位：

   • 从法律意义上来说，公司一旦注销，就意味着其法人资格终止，即该公司已经“死亡”。因此，在一般情况下，无法再对已注销的公司提起诉讼。

2. 注销程序存在瑕疵时的处理：

   • 如果公司的注销程序存在瑕疵，例如未依法进行清算或未通知债权人等，债权人仍然有途径来主张自己的债权。
   • 具体来说，如果公司注销前依法进行过清算，但未通知债权人，那么债权人可以向清算组成员提起诉讼，主张自己的权益。这是因为清算组在清算过程中有责任通知并处理债权人的债权。
   • 如果公司注销前未经过清算，那么债权人可以直接向公司的股东提起诉讼，主张自己的债权。这是因为股东在公司注销过程中有责任确保公司的债务得到妥善处理。

3. 分公司注销后起诉总公司的条件：

   • 如果涉及的是分公司注销，而总公司仍然存在，那么债权人可以向总公司提起诉讼，要求总公司承担分公司的债务。这是因为分公司作为总公司的附属机构，在法律上和经济上都没有独立性，其民事责任由总公司承担。
   • 在诉讼过程中，债权人需要提供充分的证据证明分公司与总公司之间的法律关系以及总公司应当承担的责任。

4. 法律建议：

   • 对于债权人而言，在得知公司注销后，应尽快调查注销程序是否合法合规，以及是否存在未处理的债权。
   • 如果发现注销程序存在瑕疵或未处理的债权，应及时采取法律措施，如向清算组成员或股东提起诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，虽然合同期到期但被告在合同存续期间注销后，一般情况下不能直接起诉该公司，但债权人仍有途径通过法律手段主张自己的债权。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。