对于民间借贷超出法律保护的已经收取的利息，应当予以返还或抵扣本金。
具体来说：
法律依据：根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷利率司法保护上限为一年期贷款市场报价利率（LPR）的4倍。若借贷双方约定的利率超过此上限，超出部分的利息约定无效。借款人请求出借人返还已支付的超过部分的利息的，人民法院应予支持。
处理方式：
- 返还：若借款人已支付超过法定利率标准的利息，对于超过部分，出借人应当返还给借款人。借款人可通过诉讼等法律途径要求返还，并提供相关支付利息的证据，如转账记录等，以证明存在超上限支付利息的事实。
- 抵扣本金：在司法实践中，若借款人主张返还超付利息存在困难或不便，也可以要求将超付的利息抵扣借款本金。这样，下期利息的计算基数将相应减少，也能在一定程度上保护借款人的合法权益。
注意事项：
- 借款人在支付利息时，应确保利率不超过法定上限，以避免不必要的法律纠纷。
- 出借人在收取利息时，也应遵守法律规定，不得收取超过司法保护上限的利息。
- 若双方因利息问题发生争议，应及时通过法律途径解决，以维护各自的合法权益。
综上所述，民间借贷超出法律保护的已经收取的利息，借款人可以要求返还或抵扣本金。在处理此类问题时，应严格遵守相关法律规定，并确保双方的合法权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。