针对您提出的“追缴股东发起人出资时，发现股权转让存在阴阳合同，是否应认定为恶意串通”的问题，以下是我的分析：
一、核心结论
- 若阴阳合同损害了公司、其他股东或债权人的利益，且双方存在故意串通的行为，则应认定为恶意串通。
- 若阴阳合同仅是为了规避某些监管或税收要求，但并未损害公司、其他股东或债权人的利益，且双方无恶意串通故意，则不一定构成恶意串通。但需注意，此类行为可能涉及其他法律风险。
二、详细分析
（一）恶意串通的认定标准
根据《民法典》的相关规定，恶意串通是指行为人与相对人互相勾结，为谋取私利而实施的损害他人合法权益的民事法律行为。在股权转让的语境下，若阴阳合同的存在是为了损害公司、其他股东或债权人的利益，且双方存在故意串通的行为，则应认定为恶意串通。
具体表现：
- 合同内容虚假：阴阳合同中的一份（通常是阴合同）可能包含虚假的信息或条款，以掩盖真实的交易目的或价格。
- 损害他人利益：通过虚假合同，双方可能试图转移资产、逃避债务或获取不正当利益，从而损害公司、其他股东或债权人的合法权益。
- 故意串通：双方在签订阴阳合同时，存在共同的故意，即明知合同内容虚假且可能损害他人利益，但仍故意为之。
（二）阴阳合同不一定构成恶意串通的情形
并非所有的阴阳合同都构成恶意串通。在某些情况下，阴阳合同可能仅是为了规避某些监管或税收要求，而并未损害公司、其他股东或债权人的利益。例如，双方可能为了降低交易成本或简化交易流程，而签订了一份形式上的合同（阳合同）和一份实际执行的合同（阴合同）。在此类情况下，若双方无恶意串通故意，且未损害他人利益，则不一定构成恶意串通。
但需注意：
- 法律风险：即使阴阳合同未构成恶意串通，其也可能涉及其他法律风险，如偷税漏税、违反监管规定等。
- 证据收集：在追缴股东发起人出资的过程中，若发现股权转让存在阴阳合同，应首先收集相关证据，以证明合同的真实性、双方的行为意图以及是否损害了他人利益。
（三）追缴股东发起人出资时的考量
在追缴股东发起人出资的过程中，若发现股权转让存在阴阳合同，应综合考虑以下因素：
- 合同的真实性：通过审查合同条款、交易记录等证据，确定阴阳合同的真实性。
- 双方的行为意图：通过调查双方的交易背景、目的等，判断双方是否存在恶意串通的故意。
- 是否损害他人利益：评估阴阳合同是否损害了公司、其他股东或债权人的利益。
- 法律后果：根据评估结果，确定是否应追究双方的法律责任，以及应追究何种法律责任。
三、建议与风险提示
- 收集证据：在发现股权转让存在阴阳合同后，应立即收集相关证据，包括合同文本、交易记录、双方沟通记录等。
- 咨询专业律师：由于阴阳合同和恶意串通的认定涉及复杂的法律问题和证据收集，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见。
- 谨慎处理：在追缴股东发起人出资的过程中，应谨慎处理阴阳合同问题，避免因处理不当而引发更大的法律风险。
若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。