针对您提出的“夫妻离婚第一次不判离后开始分居，那么以后第二次起诉法院如何管辖”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，在离婚诉讼中，管辖法院的确定主要遵循“原告就被告”的原则。这意味着，通常情况下，离婚诉讼应由被告住所地的人民法院管辖。这里的“住所地”指的是被告的户籍所在地。
然而，在实际操作中，还存在一个“经常居住地”的概念。经常居住地是指公民离开住所地至起诉时已连续居住一年以上的地方（但公民住院就医的地方除外）。如果被告的住所地与经常居住地不一致，那么应由经常居住地的人民法院管辖。
针对您的情况，如果夫妻在第一次离婚诉讼中未被判离，并开始分居，那么在第二次起诉时，管辖法院的确定应遵循以下规则：
一般情况下：第二次起诉离婚通常应向第一次起诉的法院提出，即如果第一次起诉是在被告住所地或经常居住地的法院进行的，那么第二次起诉也应向该法院提出。这是为了保持案件处理的连贯性和效率。
特殊情况：如果被告的住所地或经常居住地在第一次起诉后发生了变化，或者存在其他特殊情况（如被告下落不明、被采取强制教育措施或被监禁等），那么管辖法院可能会有所不同。在这种情况下，应由原告住所地或经常居住地的人民法院管辖。
指定管辖：如果第一次起诉的法院在审理期间存在不便审理等特殊状况，那么可以向其上级法院提出申请，让上级法院指定其他法院来审理。
具体到您的情况，如果夫妻在第一次离婚诉讼中未被判离，并开始分居，且分居期间被告的住所地或经常居住地没有发生变化，那么第二次起诉离婚通常应向第一次起诉的法院提出。如果被告的住所地或经常居住地发生了变化，或者存在其他特殊情况，那么应根据相关法律规定确定管辖法院。
最后，我建议您在准备第二次起诉离婚时，先咨询专业的法律人士或律师，以获取更具体、更准确的法律建议和指导。他们可以根据您的具体情况和当地法律规定，为您提供更详细的解答和帮助。