结论：关于外商投资法实施的5年过渡期结束后，存量外资企业是否已依法办理变更登记的问题，不能一概而论，需根据企业的具体情况和是否已按法律规定完成相关变更登记手续来判断。
分析：
过渡期规定：
- 根据《中华人民共和国外商投资法》及其实施条例，此前依照《中华人民共和国中外合资经营企业法》、《中华人民共和国外资企业法》、《中华人民共和国中外合作经营企业法》（以下简称“外资三法”）设立的外商投资企业，在《中华人民共和国外商投资法》施行后5年内（即至2024年12月31日），可以依照《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国合伙企业法》等法律的规定调整其组织形式、组织机构等，并依法办理变更（备案）登记。
未办理变更登记的后果：
- 自2025年1月1日起，对未依法调整组织形式、组织机构等并办理变更登记的现有外商投资企业，市场监督管理部门将不予办理该企业申请的其他登记事项，并将相关情况予以公示。这意味着，如果企业未在过渡期内完成变更登记，将可能影响其未来的经营和登记事项变更。
需要变更登记的企业特征：
- 2020年1月1日前登记注册的外商投资企业。
- 企业的最高权力机构是董事会或者联合管理委员会。
- 企业类型为中外合资、中外合作、台港澳与境内合资等含有“合资”、“合作”字样。
- 如果企业的最高权力机构、法定代表人或者董事产生方式、议事表决机制等与《中华人民共和国公司法》强制性规定不符，也需要在过渡期内进行调整。
变更登记的内容：
- 将最高权力机构调整为股东会（或股东）。
- 修订公司章程。
- 依法向登记机关申请办理变更登记、章程备案或者董事备案等手续。
建议与后果：
- 对于符合条件但未办理变更登记的企业：建议尽快按照法律规定完成变更登记手续，以避免未来经营和登记事项变更可能受到的影响。
- 对于已完成变更登记的企业：应确保变更登记的内容符合法律规定，并妥善保管相关变更登记文件，以备未来查验。
- 对于不确定是否需要变更登记的企业：可以对照上述需要变更登记的企业特征进行自查，或者咨询专业律师进行确认。
可能面临的法律后果：
- 如果企业未在过渡期内完成变更登记，除了可能影响未来的经营和登记事项变更外，还可能面临市场监督管理部门的公示和处罚。
- 如果因未办理变更登记而导致企业最高权力机构及其作出的决策的合法性受到质疑，进而给企业经营带来严重影响，企业可能需要承担相应的法律责任。
总结与引导：
外商投资法实施的5年过渡期结束后，存量外资企业是否已依法办理变更登记，需根据企业的具体情况和是否已按法律规定完成相关变更登记手续来判断。如果您是外商投资企业的经营者，且对是否需要办理变更登记或如何办理变更登记存在疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。