当政府采购项目双方在签订合同时条款协商不一致时，这确实是一个需要谨慎处理的问题。以下是一些详细且具有深度的建议，帮助您妥善解决这一难题：

一、明确协商原则与目的

首先，双方应明确协商的原则是平等、自愿、公平和诚实信用。协商的目的是为了达成一个双方都能接受的合同条款，确保项目的顺利进行。在协商过程中，双方应充分表达各自的需求和关切，寻求共同点，以达成共识。

二、尝试多种协商方式

1. 直接协商：双方可以安排面对面的会议，就争议条款进行深入讨论，尝试找到双方都能接受的解决方案。
2. 书面协商：如果直接协商难以达成一致，双方可以通过书面形式（如邮件、信函）进行协商，明确各自的观点和立场，逐步缩小分歧。
3. 第三方调解：在协商陷入僵局时，可以考虑引入第三方调解机构或专业人士进行调解。调解机构或专业人士可以提供中立的意见和建议，帮助双方找到合理的解决方案。

三、依据合同约定或法律规定处理

1. 合同约定：如果合同中已经约定了争议解决方式（如仲裁条款），双方应按照合同约定执行。根据合同约定的仲裁条款或事后达成的仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁。仲裁裁决具有法律效力，双方应遵守。
2. 法律规定：如果合同中没有约定争议解决方式或约定不明确，双方可以根据《中华人民共和国民事诉讼法》或《中华人民共和国民法典》的相关规定，向有管辖权的人民法院提起诉讼。法院会依据相关法律法规作出判决，双方应履行法院判决。

四、保留相关证据

在处理协商不一致的过程中，双方应保留好相关证据，如合同文本、往来邮件、送货单、沟通记录等。这些证据可以支持各自的主张，在仲裁或诉讼过程中发挥重要作用。

五、注意诉讼时效

双方在处理协商不一致的问题时，应注意诉讼时效的规定。根据相关法律法规，民事诉讼有一定的诉讼时效期间。如果超过诉讼时效期间提起诉讼，可能会丧失胜诉权。因此，双方应在诉讼时效期间内及时采取行动，维护自己的合法权益。

六、寻求专业法律意见

如果双方在协商过程中遇到复杂的法律问题或难以达成一致，可以寻求专业法律意见。律师或法律顾问可以提供专业的法律分析和建议，帮助双方找到合理的解决方案。

综上所述，当政府采购项目双方在签订合同时条款协商不一致时，应通过明确协商原则与目的、尝试多种协商方式、依据合同约定或法律规定处理、保留相关证据、注意诉讼时效以及寻求专业法律意见等途径来妥善解决问题。希望这些建议能对您有所帮助。