核心结论：开工厂进行经营买卖五年未办理相关手续，属于违法经营行为，可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任，需立即停止违法行为并补办手续，同时评估法律风险。以下是具体分析：

1. 法律定性：未办理手续的经营行为违法

根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》《无证无照经营查处办法》等规定，开办工厂从事生产经营活动，必须依法办理营业执照、环保审批、消防验收、行业许可等手续。未办理手续持续经营五年，属于“无证无照经营”或“超范围经营”，违反行政法规，可能被市场监管部门责令停止经营、没收违法所得、罚款（最高可达违法所得5倍或10万元以下），情节严重的可能被吊销许可证或追究刑事责任。

2. 潜在法律风险

• 行政责任：市场监管部门可依据《无证无照经营查处办法》对工厂进行查处，包括查封场所、扣押设备、罚款等。若涉及环保、消防等专项审批未办理，还可能面临环保部门、消防部门的联合处罚。
• 民事责任：若工厂经营过程中与他人发生合同纠纷（如买卖合同、租赁合同），对方可能以“主体资格不合法”为由主张合同无效，要求返还财产或赔偿损失。此外，若工厂拖欠员工工资、供应商货款，可能面临劳动仲裁或民事诉讼。
• 刑事责任：若工厂生产、销售的产品不符合安全标准（如食品、药品、特种设备），或存在偷税漏税、非法排污等行为，可能构成“生产、销售伪劣产品罪”“污染环境罪”“逃税罪”等，相关责任人可能被追究刑事责任。

3. 补救措施建议

• 立即停止违法经营：在补办手续前，应暂停所有生产经营活动，避免风险扩大。
• 补办手续：根据工厂实际经营内容，向市场监管部门申请营业执照，向环保部门申请排污许可，向消防部门申请消防验收，向行业主管部门申请专项许可（如食品生产许可、危险化学品经营许可等）。补办手续时，需如实说明经营情况，配合行政机关调查。
• 评估法律风险：若工厂存在历史债务、合同纠纷或行政处罚记录，建议委托律师对法律风险进行全面评估，制定应对方案（如协商和解、申请行政复议或提起行政诉讼）。
• 主动配合调查：若已被行政机关立案调查，应积极配合调查，主动整改，争取从轻或减轻处罚。

4. 长期合规建议

• 建立合规制度：制定内部合规管理制度，明确经营许可、税务申报、环保要求等合规要点，定期自查。
• 关注政策变化：及时关注市场监管、环保、税务等部门的政策更新，确保经营行为符合最新要求。
• 保留证据：妥善保存营业执照、审批文件、合同、发票等证据，以备查验。

提示：若您需要具体操作指导（如补办手续流程、风险评估方案），可直接向我咨询，我将结合工厂所在地区、行业类型等细节，提供针对性建议。