若商业公司给诊所开单药品开错了，可按以下不同情况来处理：
若尚未造成实际损害：
- 及时沟通更正：诊所应第一时间与商业公司取得联系，明确指出开单错误的具体情况，比如药品名称错误、规格错误、数量错误等，要求商业公司重新开具正确的药品单据。在沟通时，最好采用书面形式，如邮件、信函等，以便留存证据，防止后续出现纠纷时无法证明沟通内容。
- 内部记录与审查：诊所自身要做好内部记录，详细记录开单错误的情况、发现时间、与商业公司的沟通情况等。同时，对内部流程进行审查，分析开单错误的原因，是人为疏忽还是系统问题，以便采取相应的改进措施，避免类似错误再次发生。
若已造成实际损害：
- 评估损害程度：首先要对因药品开单错误所造成的实际损害进行全面评估。这可能包括对患者造成的不良影响，如延误治疗、引发新的健康问题等；也可能包括诊所自身的经济损失，如因使用错误药品而产生的额外费用、因处理错误而投入的人力物力等。
- 与商业公司协商赔偿：根据评估的损害结果，与商业公司进行协商，要求其承担相应的赔偿责任。在协商过程中，要提供充分的证据，如患者的病历、治疗记录、费用清单等，以证明损害与药品开单错误之间的因果关系以及具体的损失金额。如果双方能够达成一致，应签订书面赔偿协议，明确赔偿金额、支付方式、支付时间等条款。
- 寻求法律途径解决：如果与商业公司协商无果，或者对协商结果不满意，诊所可以考虑通过法律途径解决纠纷。可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求商业公司承担侵权责任或违约责任。在诉讼过程中，要准备好相关证据，如开单错误的单据、与商业公司的沟通记录、损害评估报告等，以支持自己的诉讼请求。
从合规与预防角度：
- 完善内部管理制度：诊所应建立健全药品采购、验收、使用等环节的内部管理制度，明确各岗位的职责和操作流程，加强对员工的培训和考核，提高员工的业务水平和责任意识，减少开单错误等违规行为的发生。
- 定期审计与检查：定期对药品开单情况进行审计和检查，及时发现和纠正存在的问题。可以建立内部审计机制，也可以委托第三方机构进行审计，确保药品开单的准确性和合规性。
在整个处理过程中，诊所都要注意保留好相关证据，以维护自身的合法权益。如果你还有其他关于此类法律问题的疑问，可以直接向我咨询。