结论前置：开车打电话被处罚200元并扣3分，在交管12123上已交罚款后，扣分仍然会执行，不会因为已缴纳罚款而免除扣分。

详细分析

1. 交通违法处罚的构成： 交通违法处罚通常包括罚款和扣分两部分，这两者是独立的处罚措施。罚款是对违法行为的金钱处罚，而扣分则是对驾驶员驾驶资格的一种限制或警示，旨在促使驾驶员遵守交通规则，减少违法行为。

2. 罚款与扣分的关系： 罚款和扣分在交通违法处罚中是并行不悖的。缴纳罚款是履行金钱处罚的义务，而扣分则是根据违法行为的严重程度对驾驶员进行的另一种处罚。因此，即使已经缴纳了罚款，扣分仍然会按照规定执行。

3. 交管12123平台的作用： 交管12123平台是一个便捷的交通违法处理平台，驾驶员可以在该平台上查询交通违法信息、缴纳罚款等。然而，该平台并不具备免除扣分的功能。扣分是由交通管理部门根据违法行为的性质和严重程度决定的，与是否通过交管12123平台缴纳罚款无关。

4. 扣分的后续影响： 扣分会对驾驶员的驾驶资格产生影响。根据相关规定，如果驾驶员在一个记分周期内累积扣分达到或超过一定分数（如12分），可能会面临驾驶证暂扣、参加交通安全教育、重新考试等后果。因此，驾驶员应重视扣分问题，遵守交通规则，减少违法行为。

法律建议

• 遵守交通规则：驾驶员应严格遵守交通规则，避免开车打电话等违法行为，以减少罚款和扣分的风险。
• 及时处理违法：如果发生交通违法行为，应及时查询并处理违法信息，缴纳罚款，以免产生滞纳金等额外费用。
• 关注扣分情况：驾驶员应定期关注自己的扣分情况，了解扣分对驾驶资格的影响，并采取相应的措施（如参加交通安全教育）来减少扣分。

如果有任何关于交通违法处罚或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。