烟草证代用协议一般不具有法律效力，原因主要基于以下几点法律分析：

1. 主体资格问题：

   • 烟草专卖零售许可证是特定主体（如个体工商户、企业等）依法申请并获得的行政许可，用于合法经营烟草制品。该许可证的持有者具有特定的法律身份和经营资格。
   • 代用协议若涉及将烟草证借予他人使用，实际上是在变更或转让许可证的使用主体，这违反了行政许可的法定原则。行政许可通常不得随意转让或出借，因为这可能影响到行政管理的秩序和公共利益。

2. 违反法律法规：

   • 根据《中华人民共和国烟草专卖法》及相关实施条例，未经许可，任何单位或者个人不得从事烟草专卖品的生产、批发、零售业务。代用协议若导致无证经营或超范围经营，将直接违反这些法律法规。
   • 此外，如果代用协议涉及伪造、变造、买卖、出租、出借或者以其他形式非法转让烟草专卖许可证的行为，还将面临更严重的法律后果，包括行政处罚甚至刑事责任。

3. 合同效力问题：

   • 从合同法的角度来看，一个有效的合同需要满足主体合格、内容合法、意思表示真实等基本条件。烟草证代用协议由于涉及非法转让行政许可，其内容本身即不合法，因此难以被认定为有效合同。
   • 即使双方在协议中约定了某些条款，如使用期限、费用支付等，但由于协议的基础（即烟草证的代用）不合法，这些条款也将因违反法律强制性规定而无效。

法律建议：

• 对于烟草证持有者而言，应严格遵守相关法律法规，不得将烟草证出借或转让给他人使用。
• 对于希望经营烟草制品的单位或个人而言，应依法申请并获得烟草专卖零售许可证，而非通过代用协议等非法方式获取经营资格。
• 如果双方已经签订了烟草证代用协议，并因此产生了纠纷或面临法律风险，建议及时咨询专业律师，了解相关法律责任和解决方案。

可能后果：

• 如果因烟草证代用协议而被查处，双方可能面临行政处罚，包括罚款、没收违法所得、吊销许可证等。
• 在严重情况下，如果代用协议涉及伪造、变造、买卖国家机关证件等犯罪行为，相关责任人还可能面临刑事责任追究。

因此，从法律角度出发，烟草证代用协议是不具有法律效力的，且可能带来严重的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。