若律师发现所收代理费系当事人另一案件中的合同诈骗所得，应立即停止接收该款项，并主动向相关部门报告，同时积极配合调查，以避免自身陷入法律风险。具体分析如下：

1. 法律义务与责任：

   • 根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，明知是犯罪所得及其产生的收益而予以窝藏、转移、收购、代为销售或者以其他方法掩饰、隐瞒的，构成掩饰、隐瞒犯罪所得、犯罪所得收益罪。律师若明知代理费为合同诈骗所得而继续接收，可能面临刑事责任。
   • 律师作为法律专业人士，有义务遵守法律法规，维护法律尊严和司法公正。发现当事人资金来源非法时，应立即采取措施，防止自身行为构成对犯罪的帮助或掩饰。

2. 应对措施：

   • 停止接收款项：一旦发现代理费可能涉及非法所得，律师应立即停止接收后续款项，避免进一步卷入非法活动。
   • 报告相关部门：律师应主动向公安机关或相关司法机关报告情况，说明已知事实，配合调查。这是律师履行法律义务、避免自身陷入法律风险的重要步骤。
   • 配合调查：在调查过程中，律师应如实提供所知信息，协助司法机关查明事实真相。这既是律师的法律义务，也是维护自身职业声誉和避免法律责任的关键。

3. 法律依据：

   • 《中华人民共和国刑法》第三百一十二条明确规定了掩饰、隐瞒犯罪所得、犯罪所得收益罪的构成要件和刑罚。律师若违反此规定，将面临相应的刑事处罚。
   • 《中华人民共和国律师法》也要求律师遵守法律法规，恪守职业道德和执业纪律。律师在执业过程中发现当事人资金来源非法时，有义务采取措施防止自身行为违法。

建议：律师在执业过程中应保持高度警惕，对当事人提供的资金来源进行合理审查。若发现可疑情况，应及时与当事人沟通并采取相应措施。如有任何法律疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。