针对拖欠农民工工资且总包有在建项目的情况，相关部门主要通过以下几种方式进行约束：

1. 行政监管与处罚：

   • 劳动监察部门介入：一旦接到农民工关于拖欠工资的投诉，劳动监察部门会迅速展开调查。若查实总包单位存在拖欠工资的行为，将依法责令其限期支付。若逾期未支付，劳动监察部门有权进一步采取措施，如加付赔偿金，甚至申请法院强制执行，以确保农民工的合法权益得到保障。
   • 行政处罚：对于拖欠工资的总包单位，劳动行政部门有权根据情节轻重给予行政处罚，包括但不限于罚款。这些处罚措施旨在通过经济手段对违规单位形成有效震慑，促使其遵守法律法规，及时支付农民工工资。

2. 信用惩戒机制：

   • 列入黑名单：对于严重拖欠农民工工资的总包单位，相关部门会将其列入拖欠农民工工资“黑名单”。这一举措不仅会对单位的声誉造成负面影响，还会在政府采购、招投标、融资贷款等方面对其实施联合惩戒，限制其市场活动。
   • 信息公示：通过政府网站、新闻媒体等渠道公示拖欠工资的总包单位信息，可以进一步加大其违法成本，形成社会监督压力，促使其尽快解决拖欠问题。

3. 法律诉讼途径：

   • 农民工维权：农民工有权向法院提起诉讼，要求总包单位支付拖欠的工资。法院在受理案件后，会依法进行审理，并作出公正判决。若总包单位拒不履行判决，农民工还可以申请法院强制执行，确保自己的合法权益得到实现。
   • 刑事责任追究：对于以转移财产、逃匿等方法逃避支付农民工工资或者有能力支付而不支付农民工工资的总包单位负责人，相关部门会依法追究其刑事责任。这一举措旨在通过刑事手段对恶意拖欠工资的行为形成严厉打击，维护社会公平正义。

4. 专项检查与整治行动：

   • 定期检查：相关部门会定期对在建项目进行工资支付情况的专项检查，确保农民工工资按时足额发放。通过检查，可以及时发现并纠正拖欠工资的问题，防止问题恶化。
   • 联合整治：在必要时，相关部门会联合开展整治行动，对拖欠农民工工资的总包单位进行集中打击。这些行动旨在通过多部门协作，形成合力，有效遏制拖欠工资的行为。

在实际操作中，农民工若遇到拖欠工资的情况，可以采取以下措施：

• 首先，与总包单位进行协商，尝试通过友好方式解决工资拖欠问题。
• 若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，寻求行政帮助。
• 同时，也可以咨询专业律师（如我），了解自己的法律权益和维权途径，必要时通过法律诉讼来维护自己的合法权益。

作为专业律师，我建议农民工在遇到拖欠工资的情况时，要保持冷静，及时收集证据，并寻求专业法律帮助。这样不仅可以更有效地维护自己的合法权益，还可以避免因不了解法律程序而错过维权时机。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。