针对您提出的“公司制定顶撞上司罚款制度是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

一、公司罚款制度的合法性基础

首先，我们需要明确的是，公司并非行政机关，无权直接对员工进行罚款。罚款作为一种行政处罚手段，其主体应为具有行政处罚权的行政机关。因此，从这一基本原则出发，公司单纯以“顶撞上司”为由对员工进行罚款，在法律上是不被直接支持的。

二、公司规章制度制定的合法性要求

然而，如果公司希望以规章制度的形式对员工的行为进行约束，并在特定情况下（如严重违纪）采取包括扣减工资在内的管理措施，那么这些规章制度必须满足以下条件：

1. 民主程序制定：规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或职工代表平等协商确定。
2. 内容合法：规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，且应合理、明确，不侵犯员工的合法权益。
3. 公示或告知：规章制度制定后，应通过适当方式（如公告、员工手册等）向员工公示或告知，确保员工知晓并理解。

三、顶撞上司行为的性质认定

对于“顶撞上司”这一行为，其是否构成违纪以及违纪的严重程度，需根据具体情况进行判断：

• 单纯言语冲突：若仅为言语上的冲突，未造成工作秩序混乱或团队关系破裂，通常不被视为严重违纪，公司无权因此罚款。
• 严重违纪行为：若顶撞行为导致工作秩序严重混乱、团队关系破裂，或伴有其他严重不当行为（如暴力、辱骂等），则可能被认定为“严重违纪”。但即便如此，公司也不能直接罚款，而应依据规章制度采取其他管理措施（如警告、降职、辞退等），且需证明员工行为符合规章制度中的“严重违纪”条款。

四、员工维权途径

若公司违反上述规定，对员工进行不合理的罚款或处罚，员工可以采取以下措施维护自身权益：

1. 留存证据：如录音、聊天记录等，证明冲突原因及过程。
2. 申诉渠道：通过工会、劳动仲裁或法院主张权利，要求撤销不合理的处罚决定。
3. 协商优先：在采取法律手段前，可尝试与公司进行沟通协商，化解误会，避免矛盾升级。

结论

综上所述，公司单纯以“顶撞上司”为由制定罚款制度是不合法的。若公司希望对员工的行为进行约束和管理，应通过合法、合理的规章制度来实现，并确保这些规章制度满足民主程序制定、内容合法以及公示或告知的要求。同时，员工在面对不合理的处罚时，也应积极采取措施维护自身权益。