针对您提出的“服装加工厂被市场监管局查了然后继续开工会怎么样”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，如果服装加工厂被市场监管局查处，通常是因为该工厂存在违反相关法律法规或市场监管规定的行为，如无照经营、产品质量不合格、存在安全隐患等。在这种情况下，如果工厂在未整改或未获得合法经营许可的情况下继续开工，将可能面临一系列严重的法律后果。

一、法律后果

1. 行政处罚加重：市场监管局在首次查处后，如果发现工厂继续违规经营，很可能会加重行政处罚力度。这可能包括更高的罚款、没收违法所得、责令停产停业等。

2. 刑事责任风险：如果工厂的违规行为严重到触犯刑法，如生产销售伪劣产品、非法经营等，那么工厂负责人和相关责任人员可能会面临刑事责任追究，包括有期徒刑、罚金等。

3. 信用记录受损：违规经营行为会被记录在企业的信用档案中，对企业的声誉和信用评级造成负面影响。这可能导致企业在未来的经营活动中面临更多的限制和障碍，如贷款困难、合作机会减少等。

二、具体案例参考

以您提供的参考信息为例，会昌县市场监管局查处了萧某某未经设立登记从事服装来料加工的案件。萧某某在没有办理营业执照的情况下擅自从事经营活动，被市场监管局依法作出没收违法所得并可能面临其他行政处罚的决定。如果萧某某在处罚后继续违规经营，那么他将面临更严重的法律后果。

三、建议与措施

1. 立即整改：如果服装加工厂被查处，应立即停止违规行为，并按照市场监管局的要求进行整改。这包括办理相关证照、改善生产条件、提高产品质量等。

2. 积极配合调查：在整改过程中，应积极配合市场监管局的调查和检查工作，如实提供相关信息和资料。

3. 寻求法律帮助：如果对市场监管局的处罚决定有异议或不清楚如何整改，可以寻求专业律师的法律帮助，以维护自身合法权益。

4. 加强内部管理：为了避免类似情况再次发生，服装加工厂应加强内部管理，建立健全各项规章制度，确保生产经营活动合法合规。

综上所述，如果服装加工厂被市场监管局查处后继续违规开工，将可能面临严重的法律后果。因此，建议工厂立即停止违规行为，积极配合整改工作，并加强内部管理以确保合法合规经营。