当您遇到修车费用5000元，而交强险的赔偿限额不足以覆盖这部分费用时，您可以按照以下步骤来处理商业险的赔偿问题：

一、确认商业险种类及保额

首先，您需要确认自己是否购买了商业车险，特别是与此次事故相关的险种，如第三者责任险或车损险。这些险种通常会在交强险赔偿不足时，提供额外的赔偿保障。同时，您要了解这些商业险的保额，即保险公司最多会赔偿多少金额。

二、根据事故责任比例确定赔偿

1. 对方有责且购买了商业三者险：

   • 如果事故中对方有责任，并且对方购买了商业三者险，那么超出交强险赔偿限额的部分，将由对方的商业三者险按照责任比例进行赔偿。例如，如果对方承担主要责任，那么对方可能需要承担超出交强险部分70%的赔偿。

2. 对方无责或未购买商业三者险：

   • 如果对方没有责任，或者对方虽然有责任但未购买商业三者险，那么超出交强险赔偿限额的部分，将由您自己承担。如果您购买了车损险，那么这部分费用可能可以通过车损险来获得一定程度的赔偿，但具体赔偿比例和限额需要依据车损险的合同条款。

3. 双方都有责任：

   • 如果事故中双方都有责任，那么超出交强险赔偿限额的部分，将按照双方的责任比例进行分担。这个比例通常会在事故认定书中明确。

三、及时报案并配合查勘定损

无论哪种情况，您都需要及时向自己的保险公司报案，并配合保险公司进行查勘定损工作。您需要提供事故证明、损失清单、医疗费用单据（如果涉及人身伤害）等相关资料，以便保险公司能够准确评估损失并尽快进行赔付。

四、注意商业险合同中的免责条款

在申请商业险赔偿时，您还需要注意商业险合同中的免责条款。例如，酒驾、无证驾驶等特定情形下，保险公司可能依据条款拒赔。因此，在申请赔偿前，请务必仔细阅读商业险合同，了解哪些情况下保险公司不会承担赔偿责任。

五、寻求合理解决方案

如果交强险和商业险的赔偿仍然不足以覆盖全部修车费用，您可以尝试与对方协商，看是否能够达成一些宽容或分期支付的协议。如果协商无果，您还可以考虑通过第三方调解机构进行调解，或者在必要的时候通过诉讼途径来解决争议。

综上所述，当交强险不足以赔偿修车费用时，您可以依靠商业险来补充赔偿。但具体赔偿方式和比例需要依据事故责任、商业险合同条款以及相关法律法规来确定。因此，在处理此类问题时，请务必保持冷静和理性，积极与对方和保险公司沟通协商，寻求合理的解决方案。