结论前置：社区现在不让您在自家购买的车库里合法经营超市，这一行为是否合法，取决于多个因素，包括车库的性质、用途限制、以及当地的相关规定等。
分析说明：
车库性质与用途：
- 首先，需要明确车库的性质。如果车库是住宅小区的配套设施，且其规划用途仅为停放车辆，那么在没有经过相关部门批准的情况下，将其改为经营用途（如超市）可能违反了规划用途，也可能违反了小区的管理规定。
- 另外，如果车库属于您个人所有，且产权证上并未明确限制其用途，那么您理论上有权对其进行合理使用。但即便如此，将车库改为经营用途仍需考虑是否符合当地商业活动的相关规定。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，改变建筑物或构筑物的用途，可能需要经过相关部门的批准或备案。
- 同时，小区内可能还有业主委员会或物业管理公司制定的管理规定，这些规定也可能对车库的使用有所限制。
社区权限：
- 社区（或小区业主委员会、物业管理公司）通常有权根据小区管理规定对小区内的公共区域和配套设施进行管理。如果车库的使用违反了小区管理规定，社区有权进行制止。
- 但社区不能随意剥夺您的合法权益。如果车库的使用并未违反相关法律法规和小区管理规定，社区无权阻止您合法经营。
建议：
- 查询相关规定：建议您首先查询当地关于建筑物用途变更的相关规定，以及小区内的管理规定，明确车库是否可以改为经营用途。
- 与社区沟通：如果车库的使用确实符合相关规定，您可以与社区进行沟通，解释清楚情况，争取得到理解和支持。
- 法律咨询：如果与社区沟通无果，或者您对相关规定存在疑问，可以寻求专业律师的法律咨询，以维护您的合法权益。
综上所述，社区现在不让您在自家购买的车库里合法经营超市，这一行为的合法性取决于多个因素。建议您先了解相关规定，再与社区进行沟通，必要时寻求法律咨询。