在案件查处时，基本农田已调出的，并不能直接认定不占用基本农田。下面我将从几个方面进行详细解释：

1. 法律定义与规定：

   • 基本农田是依法确定的特定保护区域，其使用和变更都受到严格的法律限制。
   • 即使基本农田在某种情况下被调出，也需要按照法定程序进行，并且调出后的土地用途仍然需要符合相关法律法规的规定。

2. 调出程序的合法性：

   • 如果基本农田的调出程序存在违法或违规行为，那么该调出行为可能无效，原基本农田仍然视为基本农田。
   • 因此，在案件查处时，需要首先审查基本农田调出的合法性，包括调出程序是否符合法律规定、是否有相关部门的批准文件等。

3. 实际占用情况的判断：

   • 即使基本农田已经调出，但在实际使用中如果仍然被用于农业生产或相关用途，且未按照新的土地用途进行使用，那么仍然可能被视为占用了基本农田。
   • 因此，在判断是否占用基本农田时，需要综合考虑土地的实际使用情况和调出程序的合法性。

4. 法律后果与责任：

   • 如果经查处确认存在非法占用基本农田的行为，相关责任人可能需要承担相应的法律责任，包括行政处罚、民事赔偿等。
   • 因此，在涉及基本农田的案件查处中，需要谨慎对待每一个细节，确保查处结果的准确性和公正性。

综上所述，在案件查处时，不能仅凭基本农田已调出就认定不占用基本农田。而是需要综合考虑调出程序的合法性、土地的实际使用情况以及相关法律法规的规定，以作出准确的判断和处理。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。