针对您提出的“农村居民个人土地使用权转让协议合同到期，乙方优先使用土地，但合同是无效合同”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确合同无效的可能原因。根据相关法律法规，农村土地承包转让协议无效的情形主要包括违反法律强制性规定、违反民主议定原则、主体资格问题、意思表示不真实、内容违法或损害公共利益，以及特殊情形下的无效认定。

1. 违反法律强制性规定：

   • 承包方未经发包方（如村委会或集体经济组织）同意擅自转让土地承包经营权，将导致协议无效。
   • 受让方若不具备农业经营能力，导致土地无法用于农业用途，也可能因违背立法目的而被认定无效。
   • 以转让形式掩盖非法目的，如逃避债务、规避政策限制等，同样会被认定为无效行为。

2. 违反民主议定原则：

   • 对于涉及全村利益的重大土地流转事项，若未召开村民会议或村民代表会议表决通过，协议可能无效。

3. 主体资格问题：

   • 转让方若非合法承包权人，或承包期已届满却继续转让，协议将自始无效。
   • 受让方需为本集体经济组织成员或符合法律规定的外部主体，否则协议可能无效。

4. 意思表示不真实：

   • 若一方通过欺骗手段使对方在违背真实意愿的情况下订立合同，或利用对方危难处境迫使签约，受损害方可请求撤销合同。

5. 内容违法或损害公共利益：

   • 改变土地农业用途，如将耕地转为建设用地等非农用途，协议将无效。
   • 若转让导致村集体丧失对土地的监管权，或侵害其他成员的优先权，也可能被认定无效。

6. 特殊情形下的无效认定：

   • 虽然登记并非转让合同生效要件，但未经备案可能影响对抗效力。若因此导致集体利益受损，可能被间接否定其合法性。

接下来，针对您提到的“乙方优先使用土地”这一点，我们需要明确的是，在合同无效的情况下，合同中关于乙方优先使用土地的条款也将失去法律效力。因此，无论合同中是否有此类条款，一旦合同被认定为无效，乙方都无法依据该条款主张优先使用土地的权利。

综上所述，农村居民个人土地使用权转让协议若被认定为无效合同，那么合同中关于乙方优先使用土地的条款也将无效。在处理此类问题时，建议咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律意见和帮助。