关于非法捕捞犯罪存在的问题，我从司法实务的角度，结合相关法律规定和案例，为你做如下详细分析：

一、罪与非罪的理解问题

在非法捕捞犯罪中，对于电鱼、毒鱼、炸鱼等严重破坏渔业资源的非法捕捞行为，司法机关的认定较为统一，即只要在禁渔区或禁渔期实施了这些行为，即使未捕捞到渔获物，也可认定为“情节严重”，以非法捕捞水产品罪定罪处罚。然而，对于使用其他禁用工具或方法（如地笼网、密眼网等）且未捕捞到渔获物的行为，司法实践中存在争议。

建议：对于此类情况，应综合考虑行为对渔业资源的破坏程度、行为人的主观恶性以及社会危害性等因素，谨慎判断是否构成犯罪。

二、法律适用问题

1. 罚款标准不统一：相关法律对非法捕捞违法行为的罚款标准规定不一致，且尺度宽泛，导致渔政部门在作出罚款决定时面临困难。

建议：对于发生在特定区域（如长江流域）的非法捕捞行为，应适用该区域特定的法律（如长江保护法）规定的罚款标准，以确保罚款决定的准确性和公正性。

1. 行政处罚缺乏强制力：实践中，非法捕捞行为人可能无视渔政部门的处罚决定，导致处罚决定难以落实。

建议：渔政部门应充分运用行政非诉强制执行制度，对于拒不到场、拒不缴纳罚款等行为恶劣的行为人，依法向法院申请强制执行，以确保行政处罚的有效实施。

三、证据收集与认定问题

在非法捕捞案件的办理过程中，证据的收集与认定至关重要。然而，由于非法捕捞行为往往具有隐蔽性、流动性等特点，导致证据收集难度大、易灭失。

建议：

1. 执法机关应加强日常巡逻和线索排查，及时发现并制止非法捕捞行为，同时注重现场证据的收集和固定。
2. 对于涉嫌犯罪的非法捕捞行为，应依法进行侦查取证，确保证据的真实性、合法性和关联性。

四、其他问题

1. 相对不起诉或法定不起诉的适用条件：对于在禁渔区、禁渔期使用电、毒、炸以外的其他工具或方法且未捕捞到渔获物的情形，检察机关在判断是否适用相对不起诉或法定不起诉时面临挑战。

建议：检察机关应充分考虑行为的社会危害性、行为人的悔罪表现等因素，依法作出公正合理的决定。

1. 跨部门协作配合：非法捕捞案件的办理涉及渔政部门、公安机关、检察机关等多个部门，需要各部门加强协作配合，形成合力。

建议：各部门应建立有效的沟通协作机制，明确职责分工，确保案件办理的高效顺畅。

综上所述，非法捕捞犯罪存在的问题涉及多个方面，需要司法机关、执法机关以及社会各界共同努力，通过完善法律规定、加强执法力度、提高证据收集与认定能力等措施，有效打击非法捕捞行为，保护渔业资源和生态环境。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。