关于清理楼顶种菜费用该谁负责的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

1. 楼顶权属问题：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十一条，楼顶天台属于全体业主共同所有，单个业主无权占有。因此，楼顶的使用和维护应由全体业主共同负责。

2. 费用承担原则：

   • 一般情况下，如果楼顶种菜是由个别业主私自进行的，那么清理这些菜所产生的费用，理应由这些私自种菜的业主承担。
   • 如果楼顶种菜是全体业主或多数业主的共识，并且没有明确的反对意见，那么清理费用可能需要由全体业主或按照业主大会的决议来分摊。

3. 特殊情况处理：

   • 如果物业公司在管理过程中已经明确禁止楼顶种菜，并且多次提醒、警告无效后，采取了清理措施，那么由此产生的费用，物业公司有权要求违规种菜的业主承担。
   • 如果因楼顶种菜导致了房屋漏水、渗水等损害，需要维修或赔偿的费用，也应由违规种菜的业主承担。

综上所述，清理楼顶种菜费用的承担者，应根据具体情况来确定。如果是私自种菜，费用应由违规业主承担；如果是全体业主的共识，费用可能需要全体分摊；如果物业公司采取了清理措施，费用应由违规业主承担，并可能涉及赔偿问题。因此，在处理此类问题时，建议首先明确楼顶权属和费用承担原则，再根据具体情况进行协商和处理。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的解答，请直接向我咨询。