工资发放按证书发，这一做法是否合理及合法，需分情况讨论：

1. 合法性分析：

   • 若证书与岗位直接相关且为行业或岗位必需：例如，某些特定行业（如医疗、法律、建筑等）要求从业人员必须持有特定证书才能上岗，此时将证书作为工资发放的一个考量因素，可能被视为合理且合法的。这是因为证书代表了员工具备从事该岗位工作的基本能力和资质，公司以此作为工资调整的依据，符合按劳分配和按能力分配的原则。但需注意，这种调整应基于公平、公正的原则，且不得违反最低工资标准等强制性规定。
   • 若证书与岗位无直接关联或仅为公司额外要求：若公司要求员工持有与岗位无直接关联的证书，并以此作为工资发放的唯一或主要依据，则可能涉嫌违法。因为这种做法可能剥夺了员工基于其实际工作能力和贡献获得合理报酬的权利，违反了按劳分配的基本原则。此外，如果公司因此降低员工原有工资水平，且未与员工协商一致，还可能构成未及时足额支付劳动报酬的违法行为。

2. 合理性分析：

   • 从员工角度：员工可能认为，他们为公司提供了劳动，应基于其实际工作表现和贡献获得报酬，而非仅仅基于是否持有某些证书。如果证书并非从事该岗位工作的必需条件，员工可能会觉得这种做法不公平。
   • 从公司角度：公司可能认为，持有特定证书的员工具备更高的专业素养和技能水平，能够为公司创造更大的价值。因此，将证书作为工资调整的一个因素，可以激励员工提升自身能力，同时也有助于公司吸引和留住优秀人才。然而，这种做法需要谨慎实施，确保不会侵犯员工的合法权益。

3. 法律建议：

   • 公司应审慎制定工资政策：公司在制定工资政策时，应充分考虑员工的实际工作表现和贡献，以及岗位的需求和特点。如果确实需要将证书作为工资调整的一个因素，应确保这种做法公平、公正，且不违反相关法律法规。
   • 员工应了解自身权益：员工应了解自己的合法权益，包括获得合理报酬的权利。如果认为公司的工资发放政策不合理或违法，可以与公司进行协商，或者向劳动监察部门投诉。
   • 双方应建立有效沟通机制：为了避免因工资发放问题引发的纠纷，公司和员工之间应建立有效的沟通机制。公司可以定期与员工进行沟通，了解他们的需求和意见，及时调整工资政策。员工也可以积极向公司反馈自己的想法和建议，共同维护一个和谐、稳定的劳动关系。

总结来看，工资发放按证书发是否合理及合法，取决于证书与岗位的关联性、公司的工资政策以及双方的沟通和协商情况。在制定和执行工资政策时，公司和员工都应遵循相关法律法规，确保工资发放的公平、公正和合法性。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。