你朋友无权以你公司名义将未还清贷款的车辆进行抵押。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
车辆所有权与贷款关系：
- 在贷款未还清之前，根据贷款合同及相关法律规定，车辆的所有权可能仍属于银行或金融机构，而你作为贷款人有还款义务。这意味着，在贷款未结清前，车辆并不能被视为你或你公司的完全财产。
- 法律依据：《民法典》相关规定指出，抵押期间，抵押人未经抵押权人同意，不得转让抵押财产。
抵押行为的合法性：
- 你朋友作为非车辆所有权人，无权将车辆进行抵押。如果擅自抵押，将可能构成对车辆所有权人（即银行或金融机构，以及可能的你）的权益侵犯。
- 此行为若导致车辆被第三方扣押或产生其他法律纠纷，你和你公司可能需要承担相应的法律责任。
你的应对措施：
- 立即阻止：你应明确告知你朋友，他无权以你公司名义将车辆抵押，并要求他立即停止此类行为。
- 联系贷款机构：向贷款机构说明情况，确保他们了解并同意任何关于车辆的处置行为。同时，确认贷款合同中是否有关于车辆抵押的特定条款。
- 加强监管：加强对车辆及你公司名下财产的管理和保护，防止类似情况再次发生。
- 法律咨询：如果情况复杂或你已经因此遭受损失，建议咨询专业律师，了解具体的法律途径和维权方法。
综上所述，你朋友无权以你公司名义将未还清贷款的车辆进行抵押。你应立即阻止此类行为，并与贷款机构保持沟通，确保你的权益不受损害。如有进一步需要，您可以继续咨询我。