对于您提出的关于补办建房手续及签订协议的问题，以下是我的详细分析：

一. 关于补办建房手续

1. 法律程序：首先，您需要明确当地关于补办建房手续的具体法律程序和要求。这通常涉及向相关部门提交申请，并提供必要的证明材料，如土地使用权证、建房许可证等（若原本未取得）。根据《城乡规划法》等相关法律法规，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。

2. 可能面临的处罚：由于您已经建房并经营，但未办理相关手续，可能会面临一定的法律处罚或补缴相关费用。这需要您根据当地的具体政策来准备相应的应对措施。

• 例如，某些地区可能会要求您补缴土地出让金、城市基础设施配套费等费用，并可能对您进行罚款。

二. 关于签订协议

1. 协议内容：在签订协议时，您需要明确双方的权利和义务，特别是关于补办手续的责任、费用承担、违约责任等方面。协议应详细列明以下内容：

   • 双方的基本信息；
   • 房屋的基本情况，包括位置、面积、结构等；
   • 补办手续的具体流程、时间节点和费用承担；
   • 双方的权利和义务，特别是关于配合补办手续、提供必要资料等方面的约定；
   • 违约责任和争议解决方式。

2. 法律保障：为了确保协议的合法性和有效性，建议您在签订前咨询当地律师或法律专家，对协议内容进行审核。同时，协议应明确约定双方发生争议时的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

• 例如，您可以约定在协议中：“双方因履行本协议发生争议时，应首先通过友好协商解决；协商不成时，可提交至甲方所在地人民法院诉讼解决。”

三. 总结与建议

综上所述，补办建房手续和签订协议都是涉及法律层面的重要事项。我建议您：

• 先了解清楚当地的具体政策和要求，再着手准备补办手续的相关工作。
• 在签订协议前，务必咨询专业律师或法律专家，确保协议内容的合法性和有效性。
• 明确双方的权利和义务，特别是关于补办手续的责任和费用承担方面。
• 约定好违约责任和争议解决方式，以便在发生纠纷时能够及时处理。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。