结论：收到施工合同承包商缺勤的违约金，是否需要给对方开发票，需根据具体情况判断，一般分为以下两种情况：
若违约金被认定为价外费用：
- 根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第六条及其实施细则第十二条的规定，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。价外费用包括向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
- 在此情况下，若承包商因缺勤而支付的违约金被认定为价外费用，则发包方（即收到违约金的一方）在收取违约金时，应视为提供了应税劳务或销售了货物（尽管这种“劳务”或“货物”是虚拟的，但法律上如此认定），因此需要向承包商开具相应的增值税发票。
若违约金不被认定为价外费用，或属于非增值税应税项目：
- 如果违约金不被认定为价外费用，或者该违约金属于非增值税应税项目（如因合同违约而产生的纯粹赔偿性款项，且与销售货物或提供应税劳务无直接关联），则发包方在收取此类违约金时，通常不需要开具增值税发票。
- 但需要注意的是，即使不需要开具增值税发票，发包方也应妥善保管相关凭证（如违约金支付协议、收款凭证等），以备税务机关查验，并确保该笔收入的税务处理符合税法规定（如可能需计入企业所得税的应税收入）。
建议：
- 在实际操作中，发包方应首先明确违约金的性质，判断其是否属于价外费用或应税项目。
- 若无法确定，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保税务处理的合规性。
- 同时，发包方应与承包商在合同中明确约定违约金的支付方式、税务处理及发票开具等事项，以避免后续纠纷。