建防汛指挥部是否属于违建或合法施工，需根据具体情况判断，无法直接给出肯定或否定的结论。以下从不同角度进行分析：
一、合法施工的情况
符合规划与审批：
- 若防汛指挥部的建设符合当地的城市规划、土地利用规划以及防洪规划，且已经获得了相关政府部门的审批（如规划许可证、施工许可证等），则该建设行为属于合法施工。
紧急情况下的临时建设：
- 在汛期等紧急情况下，为应对洪水等自然灾害，政府或相关部门可能临时建设防汛指挥部。这种情况下，虽然可能未完全按照常规审批程序进行，但通常会被视为合法且必要的临时措施。
二、违建的情况
未获审批或违反规划：
- 若防汛指挥部的建设未获得相关政府部门的审批，或者违反了城市规划、土地利用规划以及防洪规划，则该建设行为可能构成违建。
在禁止建设的区域内建设：
- 根据《中华人民共和国河道管理条例》等相关法规，在河道管理范围内、堤防和护堤地等禁止建设的区域内修建建筑物或其他设施，可能构成违建。例如，若防汛指挥部被建在河道管理范围内，且未经批准，则可能面临被责令拆除、罚款等法律后果。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 在建设防汛指挥部前，应确保获得相关政府部门的审批，并符合城市规划、土地利用规划以及防洪规划。
- 若在紧急情况下需要临时建设防汛指挥部，应尽快向相关部门报告并补办审批手续。
可能的法律后果：
- 若防汛指挥部被认定为违建，可能面临被责令拆除、罚款、没收非法所得等法律后果。同时，相关责任人员还可能受到行政处分或刑事责任追究。
四、实际操作中的注意事项
- 及时沟通与报备：在建设防汛指挥部前，应与当地规划、水利等部门进行沟通，了解相关规划和审批要求，并及时报备建设计划。
- 保留相关证据：在建设过程中，应保留好相关审批文件、施工图纸等证据，以备查验。
- 关注政策变化：由于相关法规和政策可能发生变化，因此应及时关注并了解最新政策要求，确保建设行为符合法规规定。