结论：税务局科长让写一份协议是否合法，需结合具体情境判断，以下分情况说明：

1. 科长职权范围内要求
   若科长要求撰写协议属于其职务范围内的正常管理行为（例如：税务部门内部协作协议、与纳税人的合规性协议等），且协议内容不违反法律强制性规定，则该要求合法。
   法律依据：根据《公务员法》第五十九条，公务员不得滥用职权，但正常履行职务的行为受法律保护。若科长行为未超出职权范围，且协议内容合法，则无违法性。

2. 科长要求超出职权或存在利益冲突
   若科长要求撰写的协议涉及以下情形，则可能违法：

   • 超越职权：例如要求纳税人签订与税务管理无关的协议（如个人借款协议），或强制要求签订显失公平的协议；
     
   • 利益输送：协议内容涉及科长个人利益（如要求企业签订为其亲属提供利益的条款）；
     
   • 违反法定程序：未按照《民法典》合同编规定的要约、承诺程序签订，或未履行法定审批手续（如涉及重大公共利益的协议）。
     法律依据：根据《行政许可法》《税收征收管理法》等相关规定，税务机关及其工作人员不得利用职权谋取私利，或强制纳税人接受不合理的条件。

3. 协议内容合法性审查
   即使科长要求撰写协议的行为本身合法，协议内容仍需符合以下要求：

   • 主体适格：签订协议的双方需具有完全民事行为能力；
     
   • 意思表示真实：不存在胁迫、欺诈等情形；
     
   • 内容合法：不得违反法律、行政法规的强制性规定（如偷逃税款、限制竞争等）；
     
   • 形式合法：需符合法定形式要求（如书面协议、公证等）。
     法律依据：根据《民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定。

建议：

• 若您对科长要求撰写的协议存在疑虑，可要求其提供书面依据（如内部文件、法律依据）；
  
• 协议签订前，建议由专业法律人士审核内容，避免因条款违法导致无效或承担法律责任；
  
• 若发现科长行为涉嫌违法（如索贿、滥用职权），可向上一级税务机关或纪检监察部门举报。
  

如有具体协议内容或情境，可进一步向我咨询，我将结合细节提供针对性分析。