保险公司有权拒赔，具体分析如下：

1. 保险合同条款的约束性
   根据《保险法》及商业车险条款，车辆使用性质需与投保时登记一致。若投保时车辆登记为“非营运”，但实际用于货物运输（改变使用性质），则属于保险合同约定的免责情形。保险公司可依据《机动车综合商业保险条款》中“被保险机动车被转让、改装、加装或改变使用性质等，导致被保险机动车危险程度显著增加，且未及时通知保险人”的条款拒赔。

2. 改装行为的违法性
   根据《道路交通安全法》第十六条，擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征（如拆除后座）属于违法行为。此类改装可能导致车辆安全性能下降，增加事故风险。若事故与改装直接相关（如货物固定不稳导致侧翻），保险公司可主张“危险程度显著增加”而拒赔。

3. 因果关系的认定
   若事故发生与改装无直接关联（如追尾事故），保险公司仍可能以“未履行如实告知义务”为由拒赔。根据《保险法》第五十二条，投保人需在车辆使用性质变更后10日内通知保险人，否则保险人对因变更导致的损失不承担赔偿责任。

建议：

• 立即联系保险公司补充告知车辆使用性质变更，并补缴保费差额（若允许）。
  
• 恢复车辆原状（如重装后座），避免进一步法律风险。
  
• 若已发生事故，可尝试通过协商或诉讼主张保险公司部分赔偿（如证明改装非事故直接原因），但成功率较低。
  

如有后续争议，可进一步向我咨询具体应对方案。