您可以依法向法院提出亲子鉴定申请，但需明确申请主体和目的。以下是对您问题的详细解答：
一、申请主体与目的
申请主体：
- 通常情况下，亲子鉴定的申请主体是父母或成年子女。在您所描述的情境中，若您作为妻子，怀疑丈夫与小三所生孩子存在亲子关系，并希望确认或否认这一关系，您有权作为申请主体向法院提出亲子鉴定申请。但更直接且常见的做法是，由小三或孩子（若孩子已成年）作为申请主体，在涉及抚养费、继承权等权益争议时提出申请。不过，在特定情况下，如您能提供充分证据表明该亲子关系确认对您的合法权益有重大影响，您也可作为利害关系人提出申请。
申请目的：
- 亲子鉴定的目的通常是为了确认或否认亲子关系，从而明确抚养权、继承权等法律责任的承担和义务的履行。在您的情况下，若亲子关系得到确认，可能涉及到您丈夫对非婚生子女的抚养责任，以及该子女在遗产继承中的权利等问题。
二、法律依据与申请流程
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条的规定，父或者母向人民法院起诉请求确认或否认亲子关系，并提供必要证据予以证明，若另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定，人民法院可以认定请求方的主张成立。这一条款同样适用于您作为妻子或利害关系人提出亲子鉴定申请的情况，但需注意您需提供必要证据，并证明该亲子关系确认对您的合法权益有重大影响。
申请流程：
- 准备证据材料：收集相关证据，如您丈夫与小三的不正当关系证明（亲密照片、视频、聊天记录等），以及孩子可能是您丈夫亲生的间接证据（如孩子出生时间与您丈夫和小三接触时间的吻合性等）。
- 向法院提起诉讼：向有管辖权的人民法院提起相关诉讼（如离婚诉讼、亲子关系确认诉讼或涉及财产分割、抚养权、继承权等纠纷的诉讼），并在诉讼过程中明确提出亲子鉴定的申请。
- 法院审查与决定：法院会根据您提供的证据和申请理由进行审查，决定是否准许亲子鉴定申请。若法院认为您的申请合理且有必要，会指定具有资质的鉴定机构进行亲子鉴定。
- 参与鉴定程序：若法院准许申请，您、您丈夫（若作为被鉴定人之一）及孩子需按鉴定机构要求提供样本（如血液、毛发等）进行鉴定。
- 鉴定结果的使用：亲子鉴定结果将作为法院判决的重要依据，对亲子关系的确认或否认产生决定性影响。
三、注意事项与法律后果
注意事项：
- 亲子鉴定涉及到个人隐私和人身权利，应谨慎对待。在整个过程中，请确保行为的合法性和有效性，遵循法律程序和规定。
- 在进行亲子鉴定时，应充分考虑对家庭关系和孩子心理可能造成的影响。尽量以温和、理性的方式处理这一问题，减轻对孩子的伤害。
法律后果：
- 若亲子鉴定结果确认了您丈夫与小三所孩子的亲子关系，可能涉及到您丈夫对非婚生子女的抚养责任、该子女在遗产继承中的权利等问题。您可能需要根据具体情况，通过法律程序维护自己的合法权益（如主张分割更多的夫妻共同财产、要求丈夫给予损害赔偿等）。
- 若另一方（如您丈夫或小三）拒绝配合亲子鉴定且没有相反证据，法院可能根据您提供的证据认定您的主张成立。但这也取决于您提供的证据是否充分、合理以及法院对案件的具体判断。
建议您在提出亲子鉴定申请前，充分收集证据并咨询专业律师（即我本人）的意见。我可以根据您的具体情况提供更详细的法律指导和建议。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。