结论：农转用批准后，若因不符合建房资格需变更，需分情况处理，具体如下：

1. 若“不符合资格”指原申请人资格问题
   若原申请人因年龄、户籍、家庭人口等条件变化（如户籍迁出、家庭已分配宅基地等），导致不再符合建房资格，需重新申请变更主体。具体流程为：

   • 向原审批部门（如自然资源局、农业农村局）提交书面申请，说明资格变化情况；
     
   • 提供新符合资格的家庭成员信息（如户籍证明、未分配宅基地证明等）；
     
   • 审批部门核查后，若符合变更条件，会出具变更批复，明确新主体及建房要求。
     注意：若原批准已过期（通常为2年），需重新申请农转用审批，而非直接变更。

2. 若“不符合资格”指土地用途或规划问题
   若农转用批准后，发现土地不符合建房规划（如位于生态保护区、基本农田等），无法通过变更主体解决，需按以下步骤处理：

   • 立即停止施工，向审批部门报告情况；
     
   • 审批部门会撤销原批准，并要求恢复土地原状（如复垦）；
     
   • 若需重新建房，需重新选择符合规划的土地，并重新申请农转用审批。
     法律依据：《土地管理法》第七十七条明确，未经批准或骗取批准占用土地建房的，由县级以上政府责令退还土地，限期拆除。

3. 若“不符合资格”指审批程序瑕疵
   若原批准存在程序违法（如未公示、未听证等），变更需通过行政复议或诉讼解决：

   • 向作出批准的行政机关提出书面复议申请，要求撤销或变更原批准；
     
   • 若复议未果，可在6个月内向法院提起行政诉讼，请求判决撤销原批准。
     风险提示：此类程序瑕疵需在法定期限内主张，逾期可能丧失救济权利。

建议：

• 尽快整理相关证明材料（如户籍证明、规划图纸、审批文件等），向原审批部门咨询具体变更要求；
  
• 若涉及土地规划调整，建议同步咨询当地自然资源局，确认土地性质是否可变更；
  
• 变更过程中避免擅自施工，否则可能面临行政处罚。
  

如有进一步疑问，可直接向我提问，我会结合具体案例为您详细分析。