结论前置：十二小时夜班在一般情况下是不合法的，但特定情况下可能合法，需依据具体工时制度和行业特性来判断。

一、一般情况下的非法性

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若用人单位安排劳动者连续上十二小时夜班，且未采取特殊工时制度，那么这种工作安排就超出了法律规定的每日工作时长标准，属于违法行为。

同时，《劳动法》第四十一条还规定，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊原因下延长工作时间，每日也不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。因此，即使是加班，每日十二小时的工作时长也很可能超过了法律允许的加班限度。

二、特殊情况下的合法性

然而，也存在一些特殊情况，使得十二小时夜班可能合法：

1. 实行特殊工时制度：

   • 不定时工作制：适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围无法按标准工作时间衡量的职工，如企业高级管理人员、外勤人员等。若用人单位经批准对夜班岗位实行不定时工作制，则工作十二小时可能符合规定。
   • 综合计算工时工作制：以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准基本相同。在此制度下，某一天工作十二小时可能是允许的，只要整个周期内的平均工作时长不超过法定标准。

2. 特殊行业或紧急情况：

   • 在医疗、餐饮、安保等特殊行业，由于行业特性和工作需要，可能存在较长时间的工作情况。但需注意，即使在这些行业，也应尽量保障劳动者的休息和健康权益。
   • 在发生自然灾害、事故等紧急情况时，为威胁劳动者生命健康和财产安全而需要紧急处理，此时延长工作时间不受《劳动法》第四十一条的限制。但这种情况属于例外，且应尽快恢复正常工作时长。

三、劳动者权益保护与建议

如果劳动者认为用人单位的工作时长安排违法，可以向当地劳动监察部门投诉举报，或通过劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。同时，建议劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工作时长、加班补偿等方面的规定，确保自己的权益得到保障。

企业在制定工作制度和安排工作时，也应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的休息和健康权益不受侵害。对于需要实行特殊工时制度的岗位，企业应依法向劳动保障行政部门申请批准，并严格按照批准的内容执行。

总结：十二小时夜班是否合法，需根据具体情况判断。在一般情况下是违法的，但在特定情况下，如实行特殊工时制度或处于特殊行业及紧急情况下，可能合法。无论如何，都应确保劳动者的合法权益和身心健康得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。