针对您提出的事业单位超额发放绩效工资的处理办法，这是一个涉及政策执行、财务管理和纪律监督的重要问题。以下是我根据相关政策文件和实际案例，为您提供的详细解答：

一、政策依据与原则

首先，事业单位绩效工资的发放必须严格遵循国家和地方的相关政策规定。例如，重庆市江北区人民政府办公室发布的《关于完善事业单位绩效工资政策的通知》中，就明确规定了绩效工资的总量核定、动态调整机制、经费来源以及分配自主权等关键内容。这些政策旨在确保绩效工资的发放既公平又合理，同时激励事业单位工作人员积极工作，提升公共服务水平。

二、超额发放绩效工资的处理原则

1. 总量控制：事业单位的绩效工资总量（包括基础绩效和超额绩效）必须严格按照人社和财政部门核定的标准执行，不得突破。这是防止超额发放绩效工资的首要原则。

2. 合规性审查：在发放绩效工资前，事业单位应进行严格的合规性审查，确保所有发放项目均符合国家和地方的政策规定，没有违规自定薪酬或滥发津贴、补贴、奖金等行为。

3. 内部监督与民主决策：事业单位应完善内部考核分配办法，通过民主决策程序确定绩效工资的分配方案。同时，加强内部监督，确保分配过程公开透明，防止出现不公平、不合理的现象。

三、超额发放绩效工资的具体处理办法

1. 立即纠正：一旦发现超额发放绩效工资的情况，事业单位应立即停止违规行为，并采取措施纠正已发放的超额部分。这可能包括从后续工资中扣回超额部分、要求相关人员退还等。

2. 责任追究：对于违规发放绩效工资的责任人，应根据情节轻重给予相应的纪律处分。根据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，违规发放工资、补贴等行为可能受到警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看甚至开除党籍等处分。

3. 完善制度：事业单位应借此机会完善绩效工资管理制度，加强内部控制和风险管理。例如，可以建立更加科学的绩效评价体系，明确绩效工资的发放标准和条件；加强财务管理和审计监督，确保经费使用的合规性和有效性。

四、实际案例与警示

以某事业单位违规发放工资、补贴的案例为例，该单位因突破人社部门核定的工资总额，违规发放工资、补贴共计25万余元，相关领导被给予党内警告处分。这一案例警示我们，执行纪律没有例外，无论是党政机关还是企事业单位，都必须严格遵守国家和地方的政策规定，不得违规发放绩效工资。

五、建议与措施

1. 加强政策学习：事业单位应定期组织工作人员学习国家和地方的相关政策规定，提高对绩效工资管理的认识和理解。

2. 完善内部管理：建立健全内部考核分配办法和财务管理制度，确保绩效工资的发放既符合政策规定又体现公平合理。

3. 强化监督与问责：加强对绩效工资发放情况的监督检查和问责力度，对违规行为及时发现并严肃处理。

综上所述，事业单位超额发放绩效工资的处理办法应遵循政策依据与原则、总量控制、合规性审查以及内部监督与民主决策等原则。一旦发现违规行为，应立即纠正并追究相关责任人的责任。同时，事业单位应借此机会完善管理制度、加强内部控制和风险管理。