法院的判决一般不能阻断国有土地出让合同中的权利义务关系承继，但存在特定情形例外。以下从不同角度进行分析：
一、一般原则：合同相对性与权利义务承继
国有土地出让合同，作为行政机关与相对人之间就国有土地使用权出让达成的协议，具有行政合同的性质。根据合同相对性原则，合同的权利义务原则上仅对合同双方具有约束力。然而，在特定情况下，如合同一方发生变更（如企业合并、分立、股权转让等），合同的权利义务可能会依法承继给新的主体。这种承继是基于法律的规定或合同的约定，而非法院的判决。
法律背景：
- 《民法典》中关于合同权利义务转让的规定，虽然主要针对民事合同，但国有土地出让合同作为特殊类型的合同，在权利义务承继方面也遵循类似的原则，即除非法律另有规定或合同另有约定，否则合同的权利义务应随主体变更而承继。
二、法院判决对权利义务承继的影响
判决不直接改变合同关系：
- 法院的判决主要是对当事人之间争议的法律关系进行确认或调整，它并不直接改变原有的合同关系。在国有土地出让合同中，即使法院对合同某一方作出了判决，这通常不会影响合同权利义务的承继性，除非判决明确涉及合同权利义务的变更或解除。
特定情形下的例外：
- 合同无效或撤销：如果法院判决认定国有土地出让合同无效或应被撤销，那么合同自始没有法律约束力，也就不存在权利义务的承继问题。
- 合同解除：在合同解除的情况下，法院可能判决合同自解除之日起终止，此时合同的权利义务也不再承继。但需要注意的是，合同解除通常需要基于合同约定或法律规定的事由，并经过合法的解除程序。
- 第三人利益保护：在某些情况下，法院的判决可能出于保护第三人利益的目的，对合同的权利义务承继作出限制或调整。但这需要具体的法律条款和事实依据作为支撑。
法律建议：
- 在涉及国有土地出让合同的权利义务承继问题时，应首先审查合同的具体条款和法律规定，以确定是否存在承继的法律依据。
- 如果合同一方发生变更，应及时与对方协商并办理相关手续，以确保合同权利义务的顺利承继。
- 在发生争议时，应寻求法律途径解决，并依据法院的判决来执行相应的权利义务。
三、可能的法律后果
- 如果法院判决未涉及合同权利义务的变更或解除：则合同的权利义务应继续承继给新的主体，双方应继续履行合同义务。
- 如果法院判决认定合同无效、撤销或解除：则合同的权利义务不再承继，双方应根据判决结果承担相应的法律责任。
举例说明：
假设某企业通过出让方式取得了国有土地使用权，并签订了国有土地出让合同。后该企业因股权转让导致主体变更。在此情况下，除非合同另有约定或法律另有规定，否则新的主体应承继原企业在合同中的权利义务。如果此时发生争议并诉至法院，法院的判决将主要围绕争议点进行，而不会直接阻断合同权利义务的承继，除非判决认定合同无效、撤销或解除。
综上所述，法院的判决一般不能阻断国有土地出让合同中的权利义务关系承继，但存在特定情形例外。在处理此类问题时，应依据具体的法律条款和事实依据进行判断和决策。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。